<div dir="ltr">Josh,<div><br></div><div>You are right. We need to fix pbs_sched</div><div><br></div><div>ken</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 17, 2013 at 9:41 AM, Trutwin, Joshua <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:JTRUTWIN@csbsju.edu" target="_blank">JTRUTWIN@csbsju.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Yes it is running.
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"># qmgr -c &#39;p s&#39;<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">#<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"># Create queues and set their attributes.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">#<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">#<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"># Create and define queue batch<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">#<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">create queue batch<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set queue batch queue_type = Execution<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set queue batch resources_default.nodes = 1<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set queue batch resources_default.walltime = 01:00:00<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set queue batch enabled = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set queue batch started = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">#<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"># Set server attributes.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">#<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server scheduling = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server acl_hosts = <a href="http://torque.csbsju.edu" target="_blank">torque.csbsju.edu</a><u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server managers = <a href="mailto:root@torque.csbsju.edu" target="_blank">root@torque.csbsju.edu</a><u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server operators = <a href="mailto:root@torque.csbsju.edu" target="_blank">root@torque.csbsju.edu</a><u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server default_queue = batch<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server log_events = 511<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server mail_from = adm<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server scheduler_iteration = 600<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server node_check_rate = 150<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server tcp_timeout = 300<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server job_stat_rate = 45<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server poll_jobs = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server log_level = 4<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server disable_server_id_check = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server mom_job_sync = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server mail_domain = <a href="http://csbsju.edu" target="_blank">csbsju.edu</a><u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server keep_completed = 300<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts = lincl[1-17]<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts += lin[1-24]<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts += lincsb[1-3]<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts += linhab[1-2]<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts += linfac[1-6]<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts += linmath[1-4]<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts += linphys[1-9]<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts += linphysfac[1-4]<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server submit_hosts += nx<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server allow_node_submit = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server allow_proxy_user = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server auto_node_np = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server next_job_number = 16<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server record_job_info = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server record_job_script = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">set server moab_array_compatible = True<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">I installed maui and things are working well for me now, but it would be nice if pbs_sched worked as well.<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Thanks,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Josh<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> <a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org" target="_blank">torqueusers-bounces@supercluster.org</a> [mailto:<a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org" target="_blank">torqueusers-bounces@supercluster.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>Ken Nielson<br>
<b>Sent:</b> Friday, September 13, 2013 11:30 AM<br>
<b>To:</b> Torque Users Mailing List<br>
<b>Subject:</b> Re: [torqueusers] pbs_sched problem in 4.2.5<u></u><u></u></span></p><div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">do you have trqauthd running?<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">What does your qmgr -c &#39;p s&#39; output look like?<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Thanks<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, Sep 12, 2013 at 6:19 PM, Trutwin, Joshua &lt;<a href="mailto:JTRUTWIN@csbsju.edu" target="_blank">JTRUTWIN@csbsju.edu</a>&gt; wrote:<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I think Im running into a known issue but wanted to confirm.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I setup a simple torque environment using 4.2.5  I have a single compute node and when I try to submit a test job it winds up getting stuck in the queue until I run qrun to force
 it. I ran the scheduler like so:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">export PBSDEBUG=1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">export PBSLOGLEVEL=3<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/opt/torque-4.2.5/sbin/pbs_sched<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">When I submit the job this shows up in the console:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">pbs_statserver failed: 15033<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Problem with creating server data structure<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Looking up this error I see these two posts about it:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://comments.gmane.org/gmane.comp.clustering.torque.user/13273" target="_blank">http://comments.gmane.org/gmane.comp.clustering.torque.user/13273</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://comments.gmane.org/gmane.comp.clustering.torque.user/13058" target="_blank">http://comments.gmane.org/gmane.comp.clustering.torque.user/13058</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Is there a fix or do I have to switch to Maui?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Josh<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
Ken Nielson<br>
<a href="tel:%2B1%20801.717.3700" value="+18017173700" target="_blank">+1 801.717.3700</a> office <a href="tel:%2B1%20801.717.3738" value="+18017173738" target="_blank">+1 801.717.3738</a> fax<br>
1712 S. East Bay Blvd, Suite 300 Provo, UT 84606<br>
<a href="http://www.adaptivecomputing.com" target="_blank">www.adaptivecomputing.com</a><u></u><u></u></p>
</div>
</div></div></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Ken Nielson<br>+1 801.717.3700 office +1 801.717.3738 fax<br>1712 S. East Bay Blvd, Suite 300 Provo, UT 84606<br><a href="http://www.adaptivecomputing.com" target="_blank">www.adaptivecomputing.com</a><br>
<br>
</div>