<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div>&gt;lsof -p &lt;job pid&gt; is very informative in this regard.</div><div>Yes thank you. I found it.</div><div><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;">&gt;So we warn our users NEVER to change a binary, while a job<br>&gt;still runs it, and instead to install different variants<br>&gt;in different places in that case.</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;">Are you sure about that? I did that many times... The binary information is</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0);
 font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;">m5.fast: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.24, BuildID[sha1]=0x1f70368e109b221707860f84d7682e5bec2e3778, stripped<br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;">If the dynamic library (.so file) is modified then it is acceptable that the behavior of the executable may change. However if the .so files are unmodified and only the executable is been recompiled, I wouldn't expect different behavior. <br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color:
 transparent; font-style: normal;"><br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;">To discuss the reason, lets forget the Torque... On a normal linux operating system upon execution of the program, the kernel will copy the image of the executable to the memory. At this point, if you delete the executable, you won't see an error message that the binary has been lost... The execution will continue. <br></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br></div><div><div><font style="BACKGROUND-COLOR:#ffffff;" color="#0080ff" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><span style="color:rgb(0, 0, 0);">Regards,</span><br style="color:rgb(0, 0, 0);"><span style="color:rgb(0, 0, 0);">Mahmood</span><b><br></b></font></div></div><div><br></div>  <div
 style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Michael Jennings &lt;mej@lbl.gov&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> torqueusers@supercluster.org <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Thursday, January 31, 2013 9:09 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [torqueusers] searcing for the directory of running job<br> </font> </div> <br>
On Wednesday, 30 January 2013, at 23:39:07 (-0800),<br>Mahmood Naderan wrote:<br><br>&gt; Below is the output of "qstat -f". Please note that I am not looking for PBS_O_WORKDIR. That is the working directory which I ran qsub. What I want to find is the temporary directory on the computing node which is running the executable. Assume,<br>&gt; 1- I compile the program<br>&gt; 2- qsub the program<br>&gt; 3- while '2' is running, I modify the code <br>&gt; 4- compile the code<br>&gt; 5- qsub the program again<br>&gt; <br>&gt; Now 2 instances of my program are running however they are independent. So torque should have copied the executables somewhere on the computing nodes to provide this independence. I want to find that location.<br><br>TORQUE copies job scripts but does NOT copy executables.&nbsp; The Linux<br>kernel on the compute node(s) keeps the text and data segments of the<br>executable in memory even after it is overwritten.<br><br>lsof -p &lt;job
 pid&gt; is very informative in this regard.<br><br>Michael<br><br>-- <br>Michael Jennings &lt;<a ymailto="mailto:mej@lbl.gov" href="mailto:mej@lbl.gov">mej@lbl.gov</a>&gt;<br>Senior HPC Systems Engineer<br>High-Performance Computing Services<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Bldg 50B-3209E&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; W: 510-495-2687<br>MS 050B-3209&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; F: 510-486-8615<br>_______________________________________________<br>torqueusers mailing list<br><a ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers<br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>