<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt">Below is the output of "qstat -f". Please note that I am not looking for PBS_O_WORKDIR. That is the working directory which I ran qsub. What I want to find is the temporary directory on the computing node which is running the executable. Assume,<br>1- I compile the program<br>2- qsub the program<br>3- while '2' is running, I modify the code <br>4- compile the code<br>5- qsub the program again<br><br>Now 2 instances of my program are running however they are independent. So torque should have copied the executables somewhere on the computing nodes to provide this independence. I want to find that location.<br><div><span><br></span></div><div>&nbsp;<br>root@orca:/home/mahmood# qstat -f 92322<br>Job Id: 92322.hpclab.orca<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Job_Name = sample_machine-SET2-4core-MILC-LESLIED3D-GEMSFDTD-LBM.simics<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 Job_Owner = ali@hpclab.orca<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; resources_used.cput = 12:54:55<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; resources_used.mem = 11203852kb<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; resources_used.vmem = 11568104kb<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; resources_used.walltime = 09:35:49<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; job_state = R<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; queue = orcaq<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; server = hpclab.orca<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Checkpoint = u<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ctime = Thu Jan 31 01:25:32 2013<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Error_Path = hpclab.orca:/home/ali/lu/work_update/sample_machine-S<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ET2-4core-MILC-LESLIED3D-GEMSFDTD-LBM.simics.e92322<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; exec_host = ws05/6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; exec_port = 15003<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hold_Types = n<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Join_Path = oe<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Keep_Files = n<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mail_Points = a<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; mtime = Thu Jan 31 01:25:33 2013<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Output_Path =
 orca:/home/ali/lu/work_update/tor-reports/SET2-4core<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -MILC-LESLIED3D-GEMSFDTD-LBM.simics.tor.rep<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Priority = 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; qtime = Thu Jan 31 01:25:32 2013<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Rerunable = True<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Resource_List.neednodes = ws05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Resource_List.nodect = 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Resource_List.nodes = ws05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Resource_List.walltime = 960:00:00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; session_id = 24161<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; substate = 42<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Variable_List = PBS_O_QUEUE=orcaq,PBS_O_HOME=/home/ali,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PBS_O_LANG=en_US.UTF-8,PBS_O_LOGNAME=ali,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PBS_O_PATH=/home/ali/lu/msim/bin:/home/ali/lu/workdir<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :/home/ali/lu/msim/bin:/home/ali/lu/workdir:/opt/mpich<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2/bin:/opt/mpiexec/bin:/opt/mpich2/bin:/opt/mpiexec/bin:/usr/local/mau<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i/sbin:/usr/local/maui/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/u<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sr/bin:/sbin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PBS_O_MAIL=/var/mail/ali,PBS_O_SHELL=/bin/bash,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PBS_O_HOST=hpclab.orca,PBS_SERVER=hpclab.orca,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PBS_O_WORKDIR=/home/ali/lu/work_update,SHELL=/bin/bash,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TERM=xterm,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; XDG_SESSION_COOKIE=de692068037f222a35a95f874dc6aed9-1359565750.805643<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -944328263,SSH_CLIENT=213.233.182.203 9134 22,SSH_TTY=/dev/pts/5,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; USER=ali,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 LS_COLORS=rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:o<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; w=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.zip=01;31:*.z=0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lz=01;31:*.xz=01;31:*.bz2=01;31<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :*.bz=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1:*.jar=01;31:*.war=01;31:*.ear=01;31:*.sar=01;31:*.rar=01;31:*.ace=01<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tg<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; a=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.webm=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wm<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; v=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.axv=01;35:*.anx=01;35:*.ogv=01;35:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 *.ogx=01;35:*.aac=00;36:*.au=00;36:*.flac=00;36:*.mid=00;36:*.midi=00;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36:*.mka=00;36:*.mp3=00;36:*.mpc=00;36:*.ogg=00;36:*.ra=00;36:*.wav=00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;36:*.axa=00;36:*.oga=00;36:*.spx=00;36:*.xspf=00;36:,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PATH=/home/ali/lu/msim/bin:/home/ali/lu/workdir:/home<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; /ali/lu/msim/bin:/home/ali/lu/workdir:/opt/mpich2/bin:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; /opt/mpiexec/bin:/opt/mpich2/bin:/opt/mpiexec/bin:/usr/local/maui/sbin<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :/usr/local/maui/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :/sbin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games,MAIL=/var/mail/ali,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SIMICS_INSTALL=/home/ali/gems/simics-3.0.30,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 PWD=/home/ali/lu/work_update,LANG=en_US.UTF-8,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GEMS=/home/ali/gems,HOME=/home/ali,SHLVL=2,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; BASH_ENV=~/.profile,LOGNAME=ali,PYTHONPATH=./modules,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SSH_CONNECTION=213.233.182.203 9134 194.225.69.105 22,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LESSOPEN=| /usr/bin/lesspipe %s,SIMICS_EXTRA_LIB=./modules,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LESSCLOSE=/usr/bin/lesspipe %s %s,_=/usr/local/bin/qsub<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; euser = ali<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; egroup = users<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; hashname = 92322.hpclab.orca<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; queue_rank = 27317<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; queue_type = E<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; etime = Thu Jan 31 01:25:32 2013<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; submit_args = tor-files/SET2-4core-MILC-LESLIED3D-GEMSFDTD-LBM.simics.tor<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; start_time = Thu Jan 31 01:25:33
 2013<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Walltime.Remaining = 3421384<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; start_count = 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; fault_tolerant = False<br><br><br><br></div><div><div><font style="BACKGROUND-COLOR:#ffffff;" color="#0080ff" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><span style="color:rgb(0, 0, 0);">Regards,</span><br style="color:rgb(0, 0, 0);"><span style="color:rgb(0, 0, 0);">Mahmood</span><b><br></b></font></div></div><div><br></div>  <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Diego Bacchin &lt;diego.bacchin@bmr-genomics.it&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Torque Users Mailing List &lt;torqueusers@supercluster.org&gt; <br><b><span style="font-weight: bold;">Cc:</span></b> Mahmood Naderan
 &lt;nt_mahmood@yahoo.com&gt;; Torque Users Mailing List &lt;torqueusers@supercluster.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Thursday, January 31, 2013 12:48 AM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [torqueusers] searcing for the directory of running job<br> </font> </div> <br>
<div id="yiv541168342"><div><div>Post us the output of&nbsp;</div><div>qstat -f jobid<br><br>--<div>Diego Bacchin</div></div><div><br>Il giorno 30/gen/2013, alle ore 15:51, Chrysovalantis Paschoulas &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:cpaschoulas@gmail.com" target="_blank" href="mailto:cpaschoulas@gmail.com">cpaschoulas@gmail.com</a>&gt; ha scritto:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div>try this:<br><br>$ qstat -f &lt;jobid&gt; | grep -i workdir<br><br></div>or just run<br><br>$ qstat -f &lt;jobid&gt;<br><br></div>and search for the work dir..<br><br></div>best regards,<br>
</div>chrys<br></div><div class="yiv541168342gmail_extra"><br><br><div class="yiv541168342gmail_quote">On Wed, Jan 30, 2013 at 3:16 PM, Mahmood Naderan <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:nt_mahmood@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:nt_mahmood@yahoo.com">nt_mahmood@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="yiv541168342gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div><div style="font-size:12pt;font-family:arial, helvetica, sans-serif;">There is no such variable<br><br>mahmood@orca:~$ qstat 92285<br>
Job id&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; User&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time Use S Queue<br>------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----<br>92285.hpclab&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ...3-AG-l2pf mahmood&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 01:43:31 R orcaq<br>
<br>mahmood@orca:~$ qstat -f 92285.hpclab | grep init_work_dir<br>qstat: illegally formed job identifier: 92285.hpclab<br><br>mahmood@orca:~$ qstat -f 92285 | grep
 init_work_dir<br>mahmood@orca:~$<br><br><div><span><br></span></div><div>&nbsp;</div><div><div><font style="" color="#0080ff" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="">Regards,</span><br style=""><span style="">Mahmood</span><b><br>
</b></font></div></div><div><br></div>  <div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt;"> <div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial"> <hr size="1">
  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> diego bacchin &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:diego.bacchin@bmr-genomics.it" target="_blank" href="mailto:diego.bacchin@bmr-genomics.it">diego.bacchin@bmr-genomics.it</a>&gt;<br> <b><span style="font-weight:bold;">To:</span></b> <a rel="nofollow" ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a> <br>
 <b><span style="font-weight:bold;">Sent:</span></b> Wednesday, January 30, 2013 3:59 PM<br> <b><span style="font-weight:bold;">Subject:</span></b> Re: [torqueusers] searcing for the
 directory of running job<br> </font> </div><div><div class="yiv541168342h5"> <br>
Hi,<br>&nbsp; &nbsp;  qstat -f jobid | grep init_work_dir<br>Bye<br><br>Diego Bacchin<br>IT System Administrator at<br>&nbsp; BMR Genomics srl - Via Redipuglia, 19 - PADOVA (PD) - Italy<br>&nbsp; CRIBI - University of Padova - Via U. Bassi, 58 - PADOVA (PD) - Italy<br>
<a rel="nofollow" ymailto="mailto:diego@bmr-genomics.it" target="_blank" href="mailto:diego@bmr-genomics.it">diego@bmr-genomics.it</a> - <a rel="nofollow" ymailto="mailto:diego.bacchin@cribi.unipd.it" target="_blank" href="mailto:diego.bacchin@cribi.unipd.it">diego.bacchin@cribi.unipd.it</a><br>366 72 97 232<br><br>Il 30/01/2013 12:41, Mahmood Naderan ha scritto:<br>
&gt; Dear all,<br>&gt; How can I see the working directory of the running job on a a <br>&gt; computing node based on the job ID. In condor, there is a command " <br>&gt; &lt;id&gt;". Is there something similar in torque?<br>
&gt;<br>&gt; Regards,<br>&gt; Mahmood*<br>&gt; *<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; torqueusers mailing list<br>&gt; <a rel="nofollow" ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
&gt; http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers<br><br>_______________________________________________<br>torqueusers mailing list<br>
<a rel="nofollow" ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br><br> </div></div></div> </div>  </div></div><br>_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a rel="nofollow" ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>torqueusers mailing list</span><br><span><a rel="nofollow" ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a></span><br><span><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a></span><br></div></blockquote></div></div><br><br> </div> </div>  </div></body></html>