<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 23, 2013 at 12:54 PM, Andrus, Brian Contractor <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bdandrus@nps.edu" target="_blank">bdandrus@nps.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Seems to me that would be by design and you need to be aware of it.<br>
-V basically just takes the output of &#39;env&#39; and sets anything that is set.<br>
Since you already have PBS_* variables, I would expect them to be set already.<br>
<br>
This could be handled by pbs_mom if it were to first sent the -V stuff and then set the PBS_* stuff.<br>
You can do this by iterating through and &#39;unset&#39; all the PBS_* variables before doing the qsub.<br>
<br>
I tend to rend this moot by highly discouraging the use of -V<br>
It&#39;s use makes it difficult to troubleshoot when folks use things like &quot;./a.out&quot; to run their programs.<br>
<br>
<br>
Brian Andrus<br>
ITACS/Research Computing<br>
Naval Postgraduate School<br>
Monterey, California<br>
voice: <a href="tel:831-656-6238" value="+18316566238">831-656-6238</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
&gt; -----Original Message-----<br>
&gt; From: <a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org">torqueusers-bounces@supercluster.org</a> [mailto:<a href="mailto:torqueusers-">torqueusers-</a><br>
&gt; <a href="mailto:bounces@supercluster.org">bounces@supercluster.org</a>] On Behalf Of Matthew Britt<br>
&gt; Sent: Tuesday, January 22, 2013 11:22 AM<br>
&gt; To: Torque Users Mailing List<br>
&gt; Subject: [torqueusers] PBS environmental variables and -V<br>
&gt;<br>
&gt; Hello everyone.   What is the expected behavior in precedence between<br>
&gt; PBS environmental variables and -V when a job is submitted  from an<br>
&gt; interactive job.  With torque 4.1.4 (and possibly earlier), the variables from<br>
&gt; the environment of the interactive shell are passed along w/ the newly<br>
&gt; submitted job (either interactive or batch).   We&#39;ve seen both PBS_O_HOST<br>
&gt; and PBS_O_WORKDIR be set to values of the first job rather than the<br>
&gt; attributes of the second job.<br>
&gt;<br>
&gt; As an example:<br>
&gt;<br>
&gt; [msbritt@nyx ~]$ cd bin<br>
&gt; [msbritt@nyx bin]$ pwd<br>
&gt; /home/msbritt/bin<br>
&gt; [msbritt@nyx bin]$ qsub -I -l nodes=1,walltime=5:00 -q flux -A msbritt_flux -<br>
&gt; V<br>
&gt; qsub: waiting for job <a href="http://9445802.nyx.engin.umich.edu" target="_blank">9445802.nyx.engin.umich.edu</a> to start<br>
&gt; qsub: job <a href="http://9445802.nyx.engin.umich.edu" target="_blank">9445802.nyx.engin.umich.edu</a> ready<br>
&gt;<br>
&gt; [msbritt@nyx5515 ~]$ echo $PBS_O_WORKDIR<br>
&gt; /home/msbritt/bin<br>
&gt; [msbritt@nyx5515 ~]$ echo $PBS_O_HOST<br>
&gt; <a href="http://nyx.engin.umich.edu" target="_blank">nyx.engin.umich.edu</a><br>
&gt; [msbritt@nyx5515 ~]$ pwd<br>
&gt; /home/msbritt<br>
&gt;<br>
&gt; [msbritt@nyx5515 ~]$ qsub -I -l nodes=1,walltime=5:00 -q flux -A<br>
&gt; msbritt_flux -V<br>
&gt; qsub: waiting for job <a href="http://9445813.nyx.engin.umich.edu" target="_blank">9445813.nyx.engin.umich.edu</a> to start<br>
&gt; qsub: job <a href="http://9445813.nyx.engin.umich.edu" target="_blank">9445813.nyx.engin.umich.edu</a> ready<br>
&gt;<br>
&gt; [msbritt@nyx5623 ~]$ pwd<br>
&gt; /home/msbritt<br>
&gt; [msbritt@nyx5623 ~]$ echo $PBS_O_WORKDIR<br>
&gt; /home/msbritt/bin     (arguably should be /home/msbritt)<br>
&gt; [msbritt@nyx5623 ~]$ echo $PBS_O_HOST<br>
&gt; <a href="http://nyx.engin.umich.edu" target="_blank">nyx.engin.umich.edu</a>   (arguably should be nyx5515)<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Should -V not read the PBS_O_* variables on job submission or at least be<br>
&gt; overwritten and correctly set in the next job, or should -V trump ?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt;    - Matt<br>
&gt;<br>
&gt; --------------------------------------------<br>
&gt; Matthew Britt<br>
&gt; CAEN HPC Group - College of Engineering<br>
&gt; <a href="mailto:msbritt@umich.edu">msbritt@umich.edu</a><br>
&gt;</div></div></blockquote><br>what happens when the user sets the PBS_O* variables in the environment to what they want and then TORQUE changes all of them?<br><br>Ken<br></div><br>