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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp; I have a script that I run from /var/spool/mom_priv/prologue whenever a josb that<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">requires all the cores on the node.&nbsp; This script kills any user level processes that are not
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">the job owner or a torque manager.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp;This gets rid of any effect of users who should not be logged on to the compute node, that<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">is who have just ssh&#8217;d in rather than using qsub &#8211;I<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp; I clean out scratch space on exit with epilogue if it is a dedicated job.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;You could couple this with techniques to prevent ssh logins durin the job<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">(For jobs which dedicate the node, have prologue disallow logins from other users,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">and restore normal function on exit.)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> torqueusers-bounces@supercluster.org [mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org]
<b>On Behalf Of </b>David Roman<br>
<b>Sent:</b> Friday, December 14, 2012 6:53 AM<br>
<b>To:</b> 'torqueusers@supercluster.org'<br>
<b>Subject:</b> [torqueusers] How to run mpirun of intel on torque<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Hello,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">I am sorry, but my english is really sad. I thank you for your patience for that.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I installed TORQUE 4.1.0, with MAU 3.3.1. I compiled OPENMPI with option --with-tm=/usr/local/torque.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I disallowed ssh connections for my users on executable nodes. In /etc/ssh/sshd_config I set
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">AllowGroups root admin<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">This works fine.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">But now, I install MPI Intel Librarie and Ifort.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">When I open a interactive pbs session:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">qsub -I -l nodes=2:ppn=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am connected on a node.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I run mpi job <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -genv I_MPI_FABRICS_LIST tmi ./my_program<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">But it can&nbsp; not start, because it cannot connect on the other node.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">If I append users in AllowGroups&nbsp; of&nbsp; /etc/ssh/sshd_config it works.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">But if I do this, all users can connect on executable nodes, without use torque, and this is bad.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">How can I do to disallow ssh connection without torque or make mpirun of intel works like openmpi, without ssh connection allowed for users ?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Thank you<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">David<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
</div>
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