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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp; Huh?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp; I assume this response for some other message.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoListParagraph" style="margin-left:20.25pt;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1">
<![if !supportLists]><span style="color:#1F497D"><span style="mso-list:Ignore">-<span style="font:7.0pt &quot;Times New Roman&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span></span><![endif]><span style="color:#1F497D">Jim C.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> torqueusers-bounces@supercluster.org [mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org]
<b>On Behalf Of </b>Brian Haymore<br>
<b>Sent:</b> Friday, December 14, 2012 12:56 PM<br>
<b>To:</b> Torque Users Mailing List<br>
<b>Subject:</b> Re: [torqueusers] How to run mpirun of intel on torque<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">There are no quotas present on the scratch file systems. So for you to be getting a quota limited&nbsp; message tells me that somehow the tool you're using is trying to write something to your user home directory. You should look&nbsp; to clean up some of your home directory to bring yourself below your quota limit .<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">--<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Brian D Haymore<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">University of Utah<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Center for High Performance Computing<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">155 South 1452 East, RM 405<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Salt Lake City, Utah 84112<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Phone: 801-558-1150, Fax: 801-585-5366<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><a href="http://www.map.utah.edu/umaplink/0019.html">http://www.map.utah.edu/umaplink/0019.html</a><o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">&quot;Coyle, James J [ITACD]&quot; &lt;<a href="mailto:jjc@iastate.edu">jjc@iastate.edu</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></pre>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp; I have a script that I run from /var/spool/mom_priv/prologue whenever a josb that</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">requires all the cores on the node.&nbsp; This script kills any user level processes that are not
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">the job owner or a torque manager.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp;This gets rid of any effect of users who should not be logged on to the compute node, that</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">is who have just ssh&#8217;d in rather than using qsub &#8211;I</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp; I clean out scratch space on exit with epilogue if it is a dedicated job.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp; </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;You could couple this with techniques to prevent ssh logins durin the job</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">(For jobs which dedicate the node, have prologue disallow logins from other users,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">and restore normal function on exit.)</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">
<a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org">torqueusers-bounces@supercluster.org</a> [<a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org">mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>David Roman<br>
<b>Sent:</b> Friday, December 14, 2012 6:53 AM<br>
<b>To:</b> 'torqueusers@supercluster.org'<br>
<b>Subject:</b> [torqueusers] How to run mpirun of intel on torque</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Hello,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am sorry, but my english is really sad. I thank you for your patience for that.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I installed TORQUE 4.1.0, with MAU 3.3.1. I compiled OPENMPI with option --with-tm=/usr/local/torque.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I disallowed ssh connections for my users on executable nodes. In /etc/ssh/sshd_config I set
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">AllowGroups root admin<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">This works fine.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">But now, I install MPI Intel Librarie and Ifort.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">When I open a interactive pbs session:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">qsub -I -l nodes=2:ppn=8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am connected on a node.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I run mpi job <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -genv I_MPI_FABRICS_LIST tmi ./my_program<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">But it can&nbsp; not start, because it cannot connect on the other node.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">If I append users in AllowGroups&nbsp; of&nbsp; /etc/ssh/sshd_config it works.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">But if I do this, all users can connect on executable nodes, without use torque, and this is bad.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">How can I do to disallow ssh connection without torque or make mpirun of intel works like openmpi, without ssh connection allowed for users ?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">Thank you</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">David</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
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