<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt"><div><span>Really sorry for the inconvenience... I did a mistake in my previous reply.</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>So the iostat output was incorrect. Please ignore that.<br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>I ran the simulation again. The true configuration is:</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent;
 font-style: normal;"><span>1- The application is run on the compute node</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>2- I ran "iostat 1" on the server. While it is printing every second,</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>I run the application on the compute node and terminate it.</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>3- I run "top" on the compute node.</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br><span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size:
 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>The iostat output looks like:</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 140.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 140<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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 %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.75&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 98.81<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 164.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 164<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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 style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br><span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br><span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br><span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br><span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>Also the top output during the execution of application on the compute node:</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size:
 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br>&nbsp; PID USER&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PR&nbsp; NI&nbsp; VIRT&nbsp; RES&nbsp; SHR S %CPU %MEM&nbsp;&nbsp;&nbsp; TIME+&nbsp; COMMAND<br>10570 mahm &nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 296m&nbsp; 92m&nbsp; 14m D&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0:06.13 atIco<br>10568 mahm &nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 298m&nbsp; 94m&nbsp; 14m R&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0:04.02 atIco<br>10567 mahm &nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 296m&nbsp; 92m&nbsp; 14m D&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0:04.41 atIco<br>10569 mahm &nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 298m&nbsp; 93m&nbsp; 14m D&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0:03.63 atIco<br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style:
 normal;"><br><span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br><span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><br><span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>Any feedback is appreciated.</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13.3333px; font-family: arial,helvetica,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br></span></div><div><div><font style="BACKGROUND-COLOR:#ffffff;" color="#0080ff" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><span style="color:rgb(0, 0, 0);">Regards,</span><br style="color:rgb(0, 0, 0);"><span style="color:rgb(0, 0,
 0);">Mahmood</span><b><br></b></font></div></div><div><br></div>  <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Mahmood Naderan &lt;nt_mahmood@yahoo.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Jonathan Barber &lt;jonathan.barber@gmail.com&gt; <br><b><span style="font-weight: bold;">Cc:</span></b> torque cluster &lt;torqueusers@supercluster.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Saturday, October 20, 2012 2:56 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [torqueusers] low network utilization<br> </font> </div> <br>
<div id="yiv782190929"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:lucida console, sans-serif;font-size:14pt;"><div><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><span><span><br>&gt;This sounds like you are generating more IOPS than your storage system<br>&gt;can deliver, probably because you are doing many small random<br>&gt;requests.</span></span></span></span></div><div><span style="font-size:small;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><br></span></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:transparent;font-style:normal;"><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">The cluster is diskless so all IO operations </span></span><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">are done on the server. I run <br></span></span></div><div style="color:rgb(0, 0,
 0);background-color:transparent;font-style:normal;font-size:13px;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">"iostat 1" on </span></span><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">the server before running the application on </span></span><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">the compute node.</span></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:transparent;font-style:normal;font-size:13px;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;"> As you can see, the average </span></span><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">user cpu usage is 0%, then it goes to 23% <br></span></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:transparent;
font-style:normal;font-size:13px;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">and </span></span><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">then goes to 0% which means I terminate the </span></span><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">application on the node.</span></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:transparent;font-style:normal;font-size:13px;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><br><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;"></span></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:transparent;font-style:normal;font-size:13px;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">Thing is, the read/write operations per
 second is almost zero during the <br></span></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:transparent;font-style:normal;font-size:13px;font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><span style="font-size:13px;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">application run. So I wonder why cpu user on server is 20%.<br></span></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);background-color:transparent;font-style:normal;"><span style="font-size:small;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;"><br></span></span></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:18.6667px;font-family:lucida console, sans-serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><span style="font-size:small;"><span style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;">Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0<br>sdd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sde&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>dm-0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br><br>avg-cpu:&nbsp;
 %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.50&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 99.31<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sde&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>dm-0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br><br>avg-cpu:&nbsp; %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.81&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 75.30<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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 %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.93&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.32&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 74.75<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sde&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>dm-0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br><br>avg-cpu:&nbsp; %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.97&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 74.83<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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 %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.82&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.39&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 74.80<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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 style="color:rgb(0, 0, 0);">Mahmood</span><b><br></b></font></div></div><div><br></div>  <div style="font-family:lucida console, sans-serif;font-size:14pt;"> <div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Jonathan Barber &lt;jonathan.barber@gmail.com&gt;<br> <b><span style="font-weight:bold;">To:</span></b> Mahmood Naderan &lt;nt_mahmood@yahoo.com&gt;; Torque Users Mailing List &lt;torqueusers@supercluster.org&gt; <br> <b><span style="font-weight:bold;">Sent:</span></b> Thursday, October 18, 2012 11:09 AM<br> <b><span style="font-weight:bold;">Subject:</span></b> Re: [torqueusers] low network utilization<br> </font> </div> <br>
On 17 October 2012 20:32, Mahmood Naderan &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:nt_mahmood@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:nt_mahmood@yahoo.com">nt_mahmood@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Dear all,<br>&gt; I have noticed that when I submit a job on a working node, the network speed<br>&gt; is about 20Mb. That is quite slow because the switch speed is 1000Mb.&nbsp; That<br>&gt; causes the processes to be in "D" state and the cpu usages are much below<br>&gt; 100%.<br><br>This sounds like you are generating more IOPS than your storage system<br>can deliver, probably because you are doing many small random<br>requests.<br><br>You should first check that the server NIC and the switch port are<br>both running at 1GbE (using "ethtool" on the host and connecting to<br>the switch and verifying the port status).<br><br>On the NFS server (assuming linux) check the block device that<br>supports the NFS exported file system with "iostat -kx 1". If you
 have<br> ~100% in the "%util" column
 then you are limited by the storage<br>system.<br><br>You can monitor the host network throughput with "iftop" (assuming linux).<br><br>You can get a crude idea of your baseline NFS performance by using dd<br>with large (larger than the largest amount of memory available to the<br>server and client) files and reading / writing them from the client.<br><br>For better measurements, I suggest fio:<br>http://freecode.com/projects/fio<br><br>although it is a lot more complicated to interpret the results.<br><br>Cheers<br><br>&gt; I thought there is a problem with NFS however the stats shows about 1.3k<br>&gt; requests per second which is not really high.<br><br>&gt; Maybe Torque transfers data (from worker to server which has disks) quickly.<br>&gt;<br>&gt; How can I investigate more?<br>&gt;<br>&gt; Regards,<br>&gt; Mahmood<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; torqueusers mailing list<br>&gt; <a rel="nofollow"
 ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>&gt; http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers<br>&gt;<br><br><br><br>-- <br>Jonathan Barber &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:jonathan.barber@gmail.com" target="_blank" href="mailto:jonathan.barber@gmail.com">jonathan.barber@gmail.com</a>&gt;<br><br><br> </div> </div>  </div></div></div><br>_______________________________________________<br>torqueusers mailing list<br><a ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br><a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>