
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:lucida console, sans-serif;font-size:14pt"><div><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span><span><br>&gt;This sounds like you are generating more IOPS than your storage system<br>&gt;can deliver, probably because you are doing many small random<br>&gt;requests.</span></span></span></span></div><div><span style="font-size: small;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><br></span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">The cluster is diskless so all IO operations </span></span><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">are done on the server. I run <br></span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent;

 font-style: normal; font-size: 13px; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">"iostat 1" on </span></span><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">the server before running the application on </span></span><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">the compute node.</span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal; font-size: 13px; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"> As you can see, the average </span></span><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">user cpu usage is 0%, then it goes to 23% <br></span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style:

 normal; font-size: 13px; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">and </span></span><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">then goes to 0% which means I terminate the </span></span><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">application on the node.</span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal; font-size: 13px; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><br><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"></span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal; font-size: 13px; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Thing is, the read/write operations per

 second is almost zero during the <br></span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal; font-size: 13px; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 13px;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">application run. So I wonder why cpu user on server is 20%.<br></span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="font-size: small;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><br></span></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 18.6667px; font-family: lucida console,sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span style="font-size: small;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

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 %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.50&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 99.31<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

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 kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

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 %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.93&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.32&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 74.75<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

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 kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

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 %user&nbsp;&nbsp; %nice %system %iowait&nbsp; %steal&nbsp;&nbsp; %idle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.82&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.39&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 74.80<br><br>Device:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tps&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn/s&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_read&nbsp;&nbsp;&nbsp; kB_wrtn<br>sda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>sdb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

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 style="color:rgb(0, 0, 0);">Mahmood</span><b><br></b></font></div></div><div><br></div>  <div style="font-family: lucida console, sans-serif; font-size: 14pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Jonathan Barber &lt;jonathan.barber@gmail.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Mahmood Naderan &lt;nt_mahmood@yahoo.com&gt;; Torque Users Mailing List &lt;torqueusers@supercluster.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Thursday, October 18, 2012 11:09 AM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [torqueusers] low network utilization<br> </font> </div> <br>

On 17 October 2012 20:32, Mahmood Naderan &lt;<a ymailto="mailto:nt_mahmood@yahoo.com" href="mailto:nt_mahmood@yahoo.com">nt_mahmood@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Dear all,<br>&gt; I have noticed that when I submit a job on a working node, the network speed<br>&gt; is about 20Mb. That is quite slow because the switch speed is 1000Mb.&nbsp; That<br>&gt; causes the processes to be in "D" state and the cpu usages are much below<br>&gt; 100%.<br><br>This sounds like you are generating more IOPS than your storage system<br>can deliver, probably because you are doing many small random<br>requests.<br><br>You should first check that the server NIC and the switch port are<br>both running at 1GbE (using "ethtool" on the host and connecting to<br>the switch and verifying the port status).<br><br>On the NFS server (assuming linux) check the block device that<br>supports the NFS exported file system with "iostat -kx 1". If you have<br> ~100% in the "%util" column

 then you are limited by the storage<br>system.<br><br>You can monitor the host network throughput with "iftop" (assuming linux).<br><br>You can get a crude idea of your baseline NFS performance by using dd<br>with large (larger than the largest amount of memory available to the<br>server and client) files and reading / writing them from the client.<br><br>For better measurements, I suggest fio:<br>http://freecode.com/projects/fio<br><br>although it is a lot more complicated to interpret the results.<br><br>Cheers<br><br>&gt; I thought there is a problem with NFS however the stats shows about 1.3k<br>&gt; requests per second which is not really high.<br><br>&gt; Maybe Torque transfers data (from worker to server which has disks) quickly.<br>&gt;<br>&gt; How can I investigate more?<br>&gt;<br>&gt; Regards,<br>&gt; Mahmood<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; torqueusers mailing list<br>&gt; <a

 ymailto="mailto:torqueusers@supercluster.org" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>&gt; http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers<br>&gt;<br><br><br><br>-- <br>Jonathan Barber &lt;<a ymailto="mailto:jonathan.barber@gmail.com" href="mailto:jonathan.barber@gmail.com">jonathan.barber@gmail.com</a>&gt;<br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>