Roy,<div><br></div><div>I&#39;m sorry your message wasn&#39;t attended to - its the nature of a mailing list that sometimes messages are lost. Can you (or Steve) describe the TM connect issues in a bit more detail? We should get a bug report filed for this.</div>
<div><br></div><div>David<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 29, 2012 at 11:03 AM, Roy Dragseth <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:roy.dragseth@cc.uit.no" target="_blank">roy.dragseth@cc.uit.no</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><u></u>
<div style="font-family:&#39;Sans Serif&#39;;font-size:10pt;font-weight:400;font-style:normal">
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px">I can confirm this too (reported the same problem to the mailing list a month ago, but nobody seemed to care).   Torque 3.0.4 works fine with exactly the same system config.</p>

<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px">r.</p><div><div class="h5">
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px">On Saturday 28. April <a href="tel:2012%2003.21.05" value="+12012032105" target="_blank">2012 03.21.05</a> DuChene, StevenX A wrote:<br>
</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">I am running torque-4.0.1 that I pulled from the svn 4.0.1 branch just today.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">Earlier today I was running the 4.0-fixes tree from 04/03 and I had the same results.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">I was hoping the update to current sources would fix these problems but no such luck.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">If I run the following:</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">qsub -I -l nodes=7 -l arch=atomN570</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">from my pbs job submission host I get:</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">qsub: waiting for job 4.login2.sep.here to start</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">qsub: job 4.login2.sep.here ready</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">and then I get a shell prompt on the node 0 of this job.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">If I then do:</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">$ echo $PBS_NODEFILE</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">/var/spool/torque/aux//4.login2.sep.here</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">And then:</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">$ cat /var/spool/torque/aux//4.login2.sep.here</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">atom255</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">atom255</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">atom255</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">atom255</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">atom254</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">atom254</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">atom254</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">and then I try:</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">$ pbsdsh -h atom254 ls /tmp</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">pbsdsh: error from tm_poll() 17002</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">Alternatively if I use the –v option it says:</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">$ pbsdsh -v -h atom254 /bin/ls /tmp</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">pbsdsh: tm_init failed, rc = TM_ESYSTEM (17000)</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">Then when I exit the shell I get back to my job submission node but when I then check for the pbs_mom process on that node 0 for the job that I just had the shell prompt on, the pbs_mom process is no longer running and the status message from the init script says:</p>

<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">pbs_mom dead but subsys locked</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">Also if I run any mpi jobs through torque that are run on cpu cores on one system, they seem to run just fine but for mpi jobs where the job spans across separate nodes I get the following error out each time:</p>

<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">$ cat script_viking_7nodes.pbs.e12</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">[viking12.sep.here:12360] plm:tm: failed to poll for a spawned daemon, return status = 17002</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">--------------------------------------------------------------------------</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">A daemon (pid unknown) died unexpectedly on signal 1  while attempting to</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">launch so we are aborting.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">There may be more information reported by the environment (see above).</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">This may be because the daemon was unable to find all the needed shared</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">libraries on the remote node. You may set your LD_LIBRARY_PATH to have the</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">location of the shared libraries on the remote nodes and this will</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">automatically be forwarded to the remote nodes.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">--------------------------------------------------------------------------</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">--------------------------------------------------------------------------</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">that caused that situation.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">--------------------------------------------------------------------------</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">--------------------------------------------------------------------------</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">mpirun was unable to cleanly terminate the daemons on the nodes shown</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">below. Additional manual cleanup may be required - please refer to</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">the &quot;orte-clean&quot; tool for assistance.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">--------------------------------------------------------------------------</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">        viking11.sep.here - daemon did not report back when launched</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">The PBS job script for this MPI job is very simple:</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">#PBS -l nodes=7:Viking:ppn=1</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">#PBS -l arch=xeon</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">mpirun --machinefile $PBS_NODEFILE /home/sadX/mpi_test/mpi_hello_hostname &gt; hello_out_viking7nodes</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">Also if I ssh to any node in my cluster and create a mpi nodes file by hand and then use that to run like this:</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">mpirun --machinefile ../nodefile ./mpi_hello_hostname</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">I get back all of the expected output from all of the nodes listed in the manually created nodes file.</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">--</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">Steven DuChene</p>
<p style="margin-top:12px;margin-bottom:12px;margin-left:40px;margin-right:40px;text-indent:0px">  </p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px"><br><br></p>
</div></div><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px">-- </p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px"> </p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px">  The Computer Center, University of Tromsø, N-9037 TROMSØ Norway.</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px">              phone:<a href="tel:%2B47%2077%2064%2041%2007" value="+4777644107" target="_blank">+47 77 64 41 07</a>, fax:<a href="tel:%2B47%2077%2064%2041%2000" value="+4777644100" target="_blank">+47 77 64 41 00</a></p>

<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px">        Roy Dragseth, Team Leader, High Performance Computing</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px">         Direct call: <a href="tel:%2B47%2077%2064%2062%2056" value="+4777646256" target="_blank">+47 77 64 62 56</a>. email: <a href="mailto:roy.dragseth@uit.no" target="_blank">roy.dragseth@uit.no</a></p>

<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px;margin-right:0px;text-indent:0px"> </p></div><br>_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>David Beer | Software Engineer</div><div>Adaptive Computing</div><br>
</div>