<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 24, 2012 at 12:23 AM, Rhys Hill <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rhys.hill@adelaide.edu.au" target="_blank">rhys.hill@adelaide.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi David,<br>
<br>
Thanks for that. I&#39;ve just found and fixed some other bugs which I&#39;ve added to<br>
bugzilla. The one issue that remains is odd. It seems that we have a situation<br>
where an array is stuck, when all of it&#39;s component jobs are finished.<br>
<br>
For instance, qstat -f says this:<br>
<br>
Job Id: 678[].<a href="http://moby.cs.adelaide.edu.au" target="_blank">moby.cs.adelaide.edu.au</a><br>
    Job_Name = YZ_Oxford_group<br>
    Job_Owner = <a href="mailto:yanzhichen@moby.cs.adelaide.edu.au">yanzhichen@moby.cs.adelaide.edu.au</a><br>
    job_state = Q<br>
    queue = batch<br>
    server = <a href="http://moby.cs.adelaide.edu.au" target="_blank">moby.cs.adelaide.edu.au</a><br>
    Checkpoint = u<br>
    ctime = Tue Apr 24 09:26:10 2012<br>
    Error_Path = moby.cs.adelaide.edu.au:/home/yanzhichen/moby/oxbuilding_voca<br>
        bulary/out.e.txt<br>
    Hold_Types = n<br>
    Join_Path = n<br>
    Keep_Files = n<br>
    Mail_Points = a<br>
    mtime = Tue Apr 24 09:26:10 2012<br>
    Output_Path = moby.cs.adelaide.edu.au:/home/yanzhichen/moby/oxbuilding_voc<br>
        abulary/out.o.txt<br>
    Priority = 0<br>
    qtime = Tue Apr 24 09:26:10 2012<br>
    Rerunable = True<br>
    Resource_List.mem = 5gb<br>
    Resource_List.nodect = 1<br>
    Resource_List.nodes = 1:ppn=1<br>
    Resource_List.pmem = 5gb<br>
    Resource_List.pvmem = 8gb<br>
    Resource_List.walltime = 48:00:00<br>
    etime = Tue Apr 24 09:26:10 2012<br>
    submit_args = -t 2-11 ./job_dogroup<br>
    job_array_request = 2-11<br>
    fault_tolerant = False<br>
    job_radix = 0<br>
    submit_host = <a href="http://moby.cs.adelaide.edu.au" target="_blank">moby.cs.adelaide.edu.au</a><br>
    init_work_dir = /home/yanzhichen/moby/oxbuilding_vocabulary<br>
<br>
whereas qstat -ft has no mention of 678[x] at all. qdel and qdel -p have no effect<br>
on jobs like these. I think I&#39;ve submitted a fix for the problem that leads to the<br>
job getting into this state, but it would be handy if qdel could remove it.<br>
<br>
</blockquote><div>Rhys,<br><br>To delete an element of the array or list all of the elements in an array you need to use the -t option. For example qstat -t will not only list the array master but every job in the array and its current state.<br>
<br>qdel is the same. You need to use qdel -t to delete an individual job in the array.<br><br>Ken <br></div></div><br></div>