<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal>Abraham,<span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I think </span>&nbsp;&nbsp;$PBS_VNODENUM &nbsp;only gets a number inside a copy of<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>a script launched by pbsdsh.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal>This is similar to the value of <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>&nbsp;&nbsp;n <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>outside of the loop <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>&nbsp;&nbsp;for(n=0;n&lt;4;n++){<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>}<span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp; Try launching a script which uses &nbsp;<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>matrix</span>_$PBS_VNODENUM.dat<span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>internally.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>E.g.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>script1 is executable in $</span>PBS_O_WORKDIR<span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> &nbsp;and contains:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>#!/bin/bash<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>./</span> matrix2 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;matrix_$PBS_VNODENUM.dat<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal>and change the &nbsp;pbsdsh command in your script to the two lines:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal>cd $PBS_O_WORKDIR<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pbsdsh&nbsp; script1<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>James Coyle, PhD<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> High Performance Computing Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>&nbsp;Iowa State Univ.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:16.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>web: <a href="http://www.public.iastate.edu/~jjc">http://jjc.public.iastate.edu/</a><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> torqueusers-bounces@supercluster.org [mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org] <b>On Behalf Of </b>Abraham Zamudio<br><b>Sent:</b> Monday, October 24, 2011 4:14 PM<br><b>To:</b> Torque Users Mailing List; David Beer; Ken Nielson; tbaer@utk.edu<br><b>Subject:</b> [torqueusers] Problem with pbsdsh<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Hi people , <br><br>I have a following problem . I am trying run various copies of the following code : <br><br>#include &lt;stdio.h&gt;<br>#include &lt;gsl/gsl_matrix.h&gt;<br>#include &lt;stdlib.h&gt;<br>#include &lt;unistd.h&gt;<br>#include &lt;sys/time.h&gt;<br><br>int main (int argc, char **argv)<br>{<br>int i,j;<br>int n,m;<br><br>n=10000;<br>m=10000;<br><br>gsl_matrix * A = gsl_matrix_alloc(n,m);<br><br>struct timeval tval; <br>gettimeofday(&amp;tval, 0);<br>long int NN = (tval.tv_sec ^ tval.tv_usec) ^ getpid() ;<br>srand(NN);<br><br><br>for (i = 0; i &lt; n; i++)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; for (j = 0; j &lt; m; j++)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; gsl_matrix_set (A, i, j, rand());<br><br>FILE * f = fopen(argv[1],&quot;wb&quot;);<br>gsl_matrix_fwrite (f, A);<br><br>fclose (f);<br>gsl_matrix_free (A);<br><br>return 0;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br><br><br>The compilation is with : <br><br>gcc -I/usr/include/gsl -Wall -pedantic -ggdb -std=c99 -lgsl -lgslcblas -o matrix matrix.c<br><br clear=all>Basically what i want is to generate an output file (matrix_$PBS_VNODENUM.dat) for each&nbsp; processor .<br><br>My qsub file : <br><br>#PBS -S /bin/bash&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>#PBS -V<br>#PBS -N matrix2<br>#PBS -q batch<br>#PBS -l nodes=quad4:ppn=4<br>#####&nbsp;&nbsp;&nbsp; #PBS -j oe<br>#PBS -e matrix_$PBS_JOBID.err&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>#PBS -o matrix_$PBS_JOBID.out<br><br>pbsdsh -v $PBS_O_WORKDIR/matrix2 $PBS_O_WORKDIR/matrix_$PBS_VNODENUM.dat<br><br>The problem is that only stores an output file (matrix_0.dat) . I'm looking for some advice . <br><br><br>-- <br>Abraham Zamudio Ch.<o:p></o:p></p></div></div></body></html>