Dr. Cole , <br><br>Now , i have the following problem : <br><br>PBS: /jro_cluster/mpiX/Matrix/script1: Permission denied<br>pbsdsh: error 17000 on spawn<br>PBS: /jro_cluster/mpiX/Matrix/script1: Permission denied<br>pbsdsh: error 17000 on spawn<br>
PBS: /jro_cluster/mpiX/Matrix/script1: Permission denied<br>pbsdsh: error 17000 on spawn<br>PBS: /jro_cluster/mpiX/Matrix/script1: Permission denied<br>pbsdsh: error 17000 on spawn<br><br>I do not undestand because i have no permissions . <br>
<br>My qsub file : <br><br>#PBS -S /bin/bash    <br>#PBS -V<br>#PBS -N matrix2<br>#PBS -q batch<br>#PBS -l nodes=quad4:ppn=4<br>#####    #PBS -j oe<br>#PBS -e matrix_$PBS_JOBID.err    <br>#PBS -o matrix_$PBS_JOBID.out<br>
<br>pbsdsh $PBS_O_WORKDIR/script1<br><br> <br>And the script1 file : <br><br>#!/bin/bash<br><br>$PBS_O_WORKDIR/matrix2 $PBS_O_WORKDIR/matrix_$PBS_VNODENUM.dat<br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 25, 2011 at 10:16 AM, Coyle, James J [ITACD] <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jjc@iastate.edu">jjc@iastate.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><div><p class="MsoNormal">Abraham,<span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">I think </span>  $PBS_VNODENUM  only gets a number inside a copy of<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">a script launched by pbsdsh.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">This is similar to the value of <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">  n <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">outside of the loop <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">  for(n=0;n&lt;4;n++){<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">}<span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal">
<span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">  Try launching a script which uses  <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">matrix</span>_$PBS_VNODENUM.dat<span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">internally.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal">
<span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">E.g.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">script1 is executable in $</span>PBS_O_WORKDIR<span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">  and contains:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal">
<span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">#!/bin/bash<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">./</span> matrix2     matrix_$PBS_VNODENUM.dat<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">and change the  pbsdsh command in your script to the two lines:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">cd $PBS_O_WORKDIR<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">pbsdsh  script1<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 16pt; font-family: Consolas; color: rgb(31, 73, 125);">James Coyle, PhD<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 16pt; font-family: Consolas; color: rgb(31, 73, 125);"> High Performance Computing Group        <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 16pt; font-family: Consolas; color: rgb(31, 73, 125);"> Iowa State Univ.          <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 16pt; font-family: Consolas; color: rgb(31, 73, 125);">web: <a href="http://www.public.iastate.edu/%7Ejjc" target="_blank">http://jjc.public.iastate.edu/</a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p><div style="border-style: none none none solid; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color blue; border-width: medium medium medium 1.5pt; padding: 0in 0in 0in 4pt;">
<div><div style="border-style: solid none none; border-color: rgb(181, 196, 223) -moz-use-text-color -moz-use-text-color; border-width: 1pt medium medium; padding: 3pt 0in 0in;"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt;">From:</span></b><span style="font-size: 10pt;"> <a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org" target="_blank">torqueusers-bounces@supercluster.org</a> [mailto:<a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org" target="_blank">torqueusers-bounces@supercluster.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Abraham Zamudio<br>
<b>Sent:</b> Monday, October 24, 2011 4:14 PM<br><b>To:</b> Torque Users Mailing List; David Beer; Ken Nielson; <a href="mailto:tbaer@utk.edu" target="_blank">tbaer@utk.edu</a><br><b>Subject:</b> [torqueusers] Problem with pbsdsh<u></u><u></u></span></p>
</div></div><div><div></div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;">Hi people , <br><br>I have a following problem . I am trying run various copies of the following code : <br>
<br>#include &lt;stdio.h&gt;<br>#include &lt;gsl/gsl_matrix.h&gt;<br>#include &lt;stdlib.h&gt;<br>#include &lt;unistd.h&gt;<br>#include &lt;sys/time.h&gt;<br><br>int main (int argc, char **argv)<br>{<br>int i,j;<br>int n,m;<br>
<br>n=10000;<br>m=10000;<br><br>gsl_matrix * A = gsl_matrix_alloc(n,m);<br><br>struct timeval tval; <br>gettimeofday(&amp;tval, 0);<br>long int NN = (tval.tv_sec ^ tval.tv_usec) ^ getpid() ;<br>srand(NN);<br><br><br>for (i = 0; i &lt; n; i++)<br>
    for (j = 0; j &lt; m; j++)<br>        gsl_matrix_set (A, i, j, rand());<br><br>FILE * f = fopen(argv[1],&quot;wb&quot;);<br>gsl_matrix_fwrite (f, A);<br><br>fclose (f);<br>gsl_matrix_free (A);<br><br>return 0;<br>     }<br>
<br><br>The compilation is with : <br><br>gcc -I/usr/include/gsl -Wall -pedantic -ggdb -std=c99 -lgsl -lgslcblas -o matrix matrix.c<br><br clear="all">Basically what i want is to generate an output file (matrix_$PBS_VNODENUM.dat) for each  processor .<br>
<br>My qsub file : <br><br>#PBS -S /bin/bash    <br>#PBS -V<br>#PBS -N matrix2<br>#PBS -q batch<br>#PBS -l nodes=quad4:ppn=4<br>#####    #PBS -j oe<br>#PBS -e matrix_$PBS_JOBID.err    <br>#PBS -o matrix_$PBS_JOBID.out<br>
<br>pbsdsh -v $PBS_O_WORKDIR/matrix2 $PBS_O_WORKDIR/matrix_$PBS_VNODENUM.dat<br><br>The problem is that only stores an output file (matrix_0.dat) . I&#39;m looking for some advice . <br><br><br>-- <br>Abraham Zamudio Ch.<u></u><u></u></p>
</div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Abraham Zamudio Ch.<br><br>