<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><div>On 16 sep 2011, at 13:34, Guilherme Rocha wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><br><br><br>Hello folks,<br><br><br><br>thanks a lot for all answers, I'm doing a troubleshooting now, considering your answers, in order to get my target acquired.<br>Thanks a lot once more.<br><br>I already start to research how to use MPI, in fact we have the clustalw-mpi installed on the head node,<br>
but no in the nodes (yet), I will try to do your recommendations now.<br><br>We alson have open-mpi installed.<br><br><br>We are using Debian, all software installed via #aptitude. <br><br><br>I have this question from my teacher, the lab coordinator<br>
<ul><li>Is possible to run X programs (like clustalx)&nbsp; interactivelly under Torque?</li></ul><br></blockquote><div>qsub - I -X</div><div><br></div><div>-I: interactively&nbsp;</div><div>-X: X11 forwarding</div><div><br></div><div>You get a shell prompt:</div><div>&nbsp;* xcalc</div><div><br></div><div>PS) man qsub&nbsp;</div><br><blockquote type="cite">
<br><br><br><br><div class="gmail_quote">2011/9/2 Coyle, James J [ITACD] <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jjc@iastate.edu">jjc@iastate.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">&nbsp; You’ll need and MPI application to use multiple nodes.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">&nbsp; Perhaps this application would be&nbsp; Clustalw-MPI .<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">It looks like this is available at:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><a href="http://www.bii.a-star.edu.sg/achievements/applications/clustalw/download.php" target="_blank">http://www.bii.a-star.edu.sg/achievements/applications/clustalw/download.php</a><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">Information on this can be found at:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><a href="http://www.bii.a-star.edu.sg/docs/software/README.clustalw-mpi" target="_blank">http://www.bii.a-star.edu.sg/docs/software/README.clustalw-mpi</a><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">&nbsp; Torque just reserves node, you need something like MPi and program written in MPI to use<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">multiple nodes.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">&nbsp; If you need a suggestion on MPI,&nbsp; I use OpenMPI because it installs easily and can use <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">multiple network interconnects, it also works well with Torque.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">Ethernet works, but is slow, however, that is likely what you have.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">We use Infiniband and Myrinet networks in addition to Ethernet. They give much better <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">performance for our workloads, but the cards and switches are very expensive.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p><div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt"><div><div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt"> <a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org" target="_blank">torqueusers-bounces@supercluster.org</a> [mailto:<a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org" target="_blank">torqueusers-bounces@supercluster.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Guilherme Rocha<br>
<b>Sent:</b> Friday, September 02, 2011 4:18 AM<br><b>To:</b> <a href="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank">torqueusers@supercluster.org</a></span></p><div class="im"><br><b>Subject:</b> [torqueusers] Success setting up a new Torque Environment in University<u></u><u></u></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div></div></div><p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:10.0pt">Hello folks,</span></p><div><div></div><div class="h5"><br><br><br>My name is Guilherme and this is my first post here.<br>
Thanks for this great project.<br><br>We're setting-up a Torque Cluster with 23 nodes and will be used to bioinformatics tasks.<br><br>I'm completely newbie to all of this, so after hard steps of troubleshooting, we finally<br>
received good news in logs.&nbsp; We did a small alginment using clustalw. <br><br>But we have some doubts about how to use a program in parallel, like:<br><br><br>Question 1)&nbsp; I need to have clustalw (or the script programs installed in all nodes?) <br>
Clustalw is only installed&nbsp; in head node by now.<br><br>Question 2:&nbsp; Can we use/open GUI program's interfaces to work&nbsp; using torque?<br><br>Question 3: When I submit a job, even requesting 10 nodes, clustal are being runned<br>
only in one node. What can be wrong?<br><br><br>thanks in advance<br><br>thanks in advance,</div></div><div><div></div><div class="h5"><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Guilherme Rocha<br>GF7 Doc &amp; Systems - Soluções Tecnológicas<br>
Pesquisa e Desenvolvimento - World Wide<br>R. João Goulart, 170&nbsp; - Rio Pardo - RS - CEP 96640-000<br>Mobile:&nbsp; <a href="tel:%2B55%2051%2081400360" value="+555181400360" target="_blank">+55 51 81400360</a> - Home Page:&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gf7.com.br/" target="_blank">http://www.gf7.com.br</a> <u></u><u></u></div>
</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Guilherme Rocha<br>GF7 Doc &amp; Systems - Soluções Tecnológicas<br>Pesquisa e Desenvolvimento - World Wide<br>R. João Goulart, 170&nbsp; - Rio Pardo - RS - CEP 96640-000<br>
Mobile:&nbsp; +55 51 81400360 - Home Page:&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gf7.com.br/">http://www.gf7.com.br</a> <br><br>
<span>&lt;ATT00001..txt&gt;</span></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div>--</div><div>Bas van der Vlies</div><div><a href="mailto:basv@sara.nl">basv@sara.nl</a></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></body></html>