<br><div>Hi all,</div><div><br></div><div>Basically, I would like to launch a job on a cluster with specific resources and dependencies, wait for the job to complete or fail, check that all has gone OK, then do something with the generated files ...</div>
<div><br></div><div>To launch jobs, I am using a customized version o<font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">f</font><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); "><font class="Apple-style-span" size="3"> </font></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); ">PBS-Client-0.09 package written by </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); ">Ka-Wai Mak. </span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 255); "><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">I also saw that packages named PBS-0.03 by Todd Merritt and perl-PBS by Garrick Staples exist but they do not seem maintained or seem outdated (please correct me if I am wrong).</font></span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">What do you personally use ?</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">My problem here is more after the job submission, to keep &#39;control&#39; of the job.</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">Because with the PBS-Client module, once the job is submitted, Torque does what it has to do and that&#39;s it. It does not give any information in return to my Perl script.</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">I was thinking about several solutions to achieve this but I do not find them very smart ... like :</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"> - using qstat | grep &#39;^myjobid&#39; in a while loop (with open3 perl function)</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"> - waiting for the output &amp; error files to be written where I expect them (hum...)</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"> - use an epilogue script in the job to do something useful...</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">But there may exist </font><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, verdana, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); ">brighter </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; ">answers to this question. Perhaps with some modules I don&#39;t know about.</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; ">Do you have any advice ?</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; "><br>
</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; ">And actually this is to know when the job has finished but how do you check that the job completed and did not crash ?</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; ">Do you always parse the created logs ? </span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; ">Is there a way to propagate the exit code of the program launched with qsub to the perl script running on the master node ?</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">Thank you very much.</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">Cheers,</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif">Anthony</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><br></font></div>