<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 4, 2011 at 11:33 AM, Glen Beane <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:glen.beane@gmail.com">glen.beane@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 4, 2011 at 7:44 AM, Mahmood Naderan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nt_mahmood@yahoo.com" target="_blank">nt_mahmood@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hi<br>
I am looking for some example to submit multiple jobs as stated in <a href="http://www.clusterresources.com/torquedocs21/2.1jobsubmission.shtml#jobarrays" target="_blank">http://www.clusterresources.com/torquedocs21/2.1jobsubmission.shtml#jobarrays</a><br>


<br>
For example, I have to jobs:<br>
job1 &gt;&gt;<br>
#PBS -q Q1<br>
cd $PBS_O_WORKDIR<br>
./run -bench1<br>
<br>
job2 &gt;&gt;<br>
#PBS -q Q2<br>
cd $PBS_O_WORKDIR<br>
./run -bench2<br>
<br>
Normally I use<br>
<br>
qsub job1<br>
qsub job2<br>
<br>
<br>
Now I want to submit them with one qsub command.<br>
It is stated that I have to use &quot;qsub -t 0-1 submit_script.sh&quot;<br>
I want to know what is the content of &quot;submit_script.sh&quot; ?<br>
Is it<br>
<br>
#PBS -q Q1<br>
cd $PBS_O_WORKDIR<br>
./run -bench1#PBS -q Q2<br>
cd $PBS_O_WORKDIR<br>
./run -bench2<br></blockquote></div><br><br></div>#PBS -q Q1<br>#PBS -t 1-2<br><br>cd $PBS_O_WORKDIR<br>./run -bench${PBS_ARRAYID}<br><br><br>notice I passed 1-2 for the -t argument.  This means one job will be run with a PBS_ARRAYID of 1, and the other of 2.  <br>

<br>
</blockquote></div><br>or if you pass -t on the command line to qsub...<br><br>#PBS -q Q1<br><br>cd $PBS_O_WORKDIR<br><br>./run -bench${PBS_ARRAYID}<br><br>and submit with qsub -t 1-2 submit_script.sh<br><br>The key thing to remember is each job in the job array runs the exact same script.  You use the $PBS_ARRAYID variable to take a different action <br>