<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:tahoma, new york, times, serif;font-size:12pt;color:#000000;"><DIV></DIV>
<DIV><PRE><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;have you read the documentation?
&gt;job scripts are always executed in the _home_
&gt;directory of the the submit user. there are very
&gt;good reasons to do so.
&gt;the submit directory is passed to the submit
&gt;script in the environment variable PBS_O_WORKDIR.</FONT></PRE><PRE><FONT face="tahoma, new york, times, serif">Not all documents since I am new. Thanks for your help. It is now solved.
<FONT face="Courier New"><BR></FONT>&nbsp;<DIV><DIV><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #ffffff" color=#0080ff size=2 face="arial, helvetica, sans-serif"><STRONG>// Naderan *Mahmood;</STRONG></FONT></DIV></DIV>
</FONT></PRE><PRE><FONT face="tahoma, new york, times, serif">On Wed, Dec 29, 2010 at 3:31 PM, Mahmood Naderan &lt;</FONT><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers"><FONT color=#800080 face="tahoma, new york, times, serif">nt_mahmood at yahoo.com</FONT></A><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt; wrote:
&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> Hi,
</I>&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> I have installed torque and maui andthey work&nbsp;with simple commands (like
</I>&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> echo "sleep 30" | qsub) however, when I&nbsp;submit a&nbsp;script (qsub -q&nbsp;qname -l
</I>&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> ncpus=1 torscript.sh)&nbsp;that has relative paths I get an error.
</I>&gt;</FONT><I>
</I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><I><FONT face="tahoma, new york, times, serif"> </FONT><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers"><FONT color=#800080 face="tahoma, new york, times, serif">mahmood at localhost</FONT></A><FONT face="tahoma, new york, times, serif">:tools$&nbsp;ls
</FONT></I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> torscript.sh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; flex&nbsp;&nbsp;&nbsp; ....
</I>&gt;</FONT><I><FONT face="tahoma, new york, times, serif"> </FONT><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers"><FONT color=#800080 face="tahoma, new york, times, serif">mahmood at localhost</FONT></A><FONT face="tahoma, new york, times, serif">:tools$ cat torscript.sh
</FONT></I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> #!/bin/bash
</I>&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> ./flex my_input
</I>&gt;</FONT><I>
</I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> I get this error:
</I>&gt;</FONT><I><FONT face="tahoma, new york, times, serif"> </FONT><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers"><FONT color=#800080 face="tahoma, new york, times, serif">mahmood at localhost</FONT></A><FONT face="tahoma, new york, times, serif">:tools$ cat torscript.sh.e26
</FONT></I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> /var/spool/pbs/mom_priv/jobs/26.qname.SC: line 2: ./flex: No such file or
</I>&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> directory
</I>&gt;</FONT><I>
</I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> So what should I do? thanks,
</I>
have you read the documentation?

job scripts are always executed in the _home_
directory of the the submit user. there are very
good reasons to do so.

the submit directory is passed to the submit
script in the environment variable PBS_O_WORKDIR.

axel.




&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> // Naderan *Mahmood;
</I>&gt;</FONT><I>
</I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> _______________________________________________
</I>&gt;</FONT><FONT face="tahoma, new york, times, serif"><I> torqueusers mailing list
</I>&gt;</FONT><I><FONT face="tahoma, new york, times, serif"> </FONT><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers"><FONT color=#800080 face="tahoma, new york, times, serif">torqueusers at supercluster.org</FONT></A>
</I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><I><FONT face="tahoma, new york, times, serif"> </FONT><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers"><FONT color=#800080 face="tahoma, new york, times, serif">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</FONT></A>
</I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><I>
</I><FONT face="tahoma, new york, times, serif">&gt;</FONT><I>
</I>


<FONT face="tahoma, new york, times, serif">-- 
Dr. Axel Kohlmeyer&nbsp; &nbsp; </FONT><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers"><FONT color=#800080 face="tahoma, new york, times, serif">akohlmey at gmail.com</FONT></A>
<A href="http://sites.google.com/site/akohlmey/"><FONT face="tahoma, new york, times, serif">http://sites.google.com/site/akohlmey/</FONT></A>

<FONT face="tahoma, new york, times, serif">Institute for Computational Molecular Science
Temple University, Philadelphia PA, USA.
</FONT></PRE></DIV></div><br>

      </body></html>