What i&#39;ve found is that i can&#39;t run the script from any of the 5 nodes. Because all my scripts are in /usr/local/bin/ and those can&#39;t be accesed if the script is launched from any of the 5 nodes... What can i do to view my /usr/local/bin from any of my clusters? i&#39;ve tried with a symbolic link but it doesn&#39;t work.<br>
<br><div class="gmail_quote">2010/11/11 Kevin Van Workum <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:vanw@sabalcore.com">vanw@sabalcore.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br><br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div class="h5">On Thu, Nov 11, 2010 at 6:42 AM, Guille <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:guillermo.marco@gmail.com" target="_blank">guillermo.marco@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi guys i&#39;ve made a PBS script to launch another program called &quot;tophat&quot;<br><br>tophat is located at /usr/local/bin/tophat <br><br>Here&#39;s my pbs script located in /home/PBS_scripts/<br><br>#!/bin/sh<br>
#PBS -l walltime=00:05:00<br>

#PBS -N tophat_script<br>#PBS -o tophat_script.out<br>#PBS -e tophat_scriptb.err<br><br>echo Script starts..<br>cd /usr/local/bin/<br>./tophat -r 150 /data/results/Sl65/reference_genome/GRch37.58/hg19 1_1.fa 1_2.fa<br>echo Script ends..<br>


<br>This job script never uses any node or procesor, (1 node and 1 procesor by default) and apears in queue as &quot;C&quot; state.<br><br>The tophat_scriptb.err looks like this:<br><br>/opt/torque/mom_priv/jobs/<a href="http://22825.sistemas-genom8.sistemas.local.SC" target="_blank">22825.sistemas-genom8.sistemas.local.SC</a>: line 9: ./tophat: No such file or directory<br>


<br>How the hell i can specify the path to my script location because i&#39;ve tried doing cd like the script above and using PBS_O_PATH but nothing seems to work..<br><br>Thanks for help :)<br></blockquote><div><br></div>

</div></div><div>Perhaps &#39;tophat&#39; is on your submitting machine only, and not on your execution node?</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

<br>_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br></blockquote></div><font color="#888888"><br><br clear="all"><br>-- <br>Kevin Van Workum, PhD<br>Sabalcore Computing Inc.<br>Run your code on 500 processors.<br>Sign up for a free trial account.<br><a href="http://www.sabalcore.com" target="_blank">www.sabalcore.com</a><br>

877-492-8027 ext. 11<br>
</font><br>_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br></blockquote></div><br>