I just can execute the script from 1 specific node if i copy it form my /usr/local/bin to the /bin/ directory in that specific node.<br>The real problem is that my 5 nodes can&#39;t acces my /usr/local/bin/ scripts.<br><br>
<div class="gmail_quote">2010/11/11 Nate Woody <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nate.a.woody@gmail.com">nate.a.woody@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
The easy check is to ssh over to one of your nodes and see if the<br>
script executes OK from the node.  I bet it doesn&#39;t.<br>
<br>
When I&#39;m confused I usually start adding pwd and ls lines to my batch<br>
script.  Verify that you are in the directory that you think you&#39;re in<br>
and that the directory contains what you thing it does.<br>
<font color="#888888"><br>
Nate<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
On Thu, Nov 11, 2010 at 8:50 AM, Kevin Van Workum &lt;<a href="mailto:vanw@sabalcore.com">vanw@sabalcore.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Nov 11, 2010 at 6:42 AM, Guille &lt;<a href="mailto:guillermo.marco@gmail.com">guillermo.marco@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi guys i&#39;ve made a PBS script to launch another program called &quot;tophat&quot;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; tophat is located at /usr/local/bin/tophat<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Here&#39;s my pbs script located in /home/PBS_scripts/<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; #!/bin/sh<br>
&gt;&gt; #PBS -l walltime=00:05:00<br>
&gt;&gt; #PBS -N tophat_script<br>
&gt;&gt; #PBS -o tophat_script.out<br>
&gt;&gt; #PBS -e tophat_scriptb.err<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; echo Script starts..<br>
&gt;&gt; cd /usr/local/bin/<br>
&gt;&gt; ./tophat -r 150 /data/results/Sl65/reference_genome/GRch37.58/hg19 1_1.fa<br>
&gt;&gt; 1_2.fa<br>
&gt;&gt; echo Script ends..<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; This job script never uses any node or procesor, (1 node and 1 procesor by<br>
&gt;&gt; default) and apears in queue as &quot;C&quot; state.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; The tophat_scriptb.err looks like this:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; /opt/torque/mom_priv/jobs/<a href="http://22825.sistemas-genom8.sistemas.local.SC" target="_blank">22825.sistemas-genom8.sistemas.local.SC</a>: line 9:<br>
&gt;&gt; ./tophat: No such file or directory<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; How the hell i can specify the path to my script location because i&#39;ve<br>
&gt;&gt; tried doing cd like the script above and using PBS_O_PATH but nothing seems<br>
&gt;&gt; to work..<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks for help :)<br>
&gt;<br>
&gt; Perhaps &#39;tophat&#39; is on your submitting machine only, and not on your<br>
&gt; execution node?<br>
&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; torqueusers mailing list<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Kevin Van Workum, PhD<br>
&gt; Sabalcore Computing Inc.<br>
&gt; Run your code on 500 processors.<br>
&gt; Sign up for a free trial account.<br>
&gt; <a href="http://www.sabalcore.com" target="_blank">www.sabalcore.com</a><br>
&gt; 877-492-8027 ext. 11<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; torqueusers mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>