<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 11, 2010 at 6:42 AM, Guille <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:guillermo.marco@gmail.com">guillermo.marco@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hi guys i&#39;ve made a PBS script to launch another program called &quot;tophat&quot;<br><br>tophat is located at /usr/local/bin/tophat <br><br>Here&#39;s my pbs script located in /home/PBS_scripts/<br><br>#!/bin/sh<br>#PBS -l walltime=00:05:00<br>

#PBS -N tophat_script<br>#PBS -o tophat_script.out<br>#PBS -e tophat_scriptb.err<br><br>echo Script starts..<br>cd /usr/local/bin/<br>./tophat -r 150 /data/results/Sl65/reference_genome/GRch37.58/hg19 1_1.fa 1_2.fa<br>echo Script ends..<br>

<br>This job script never uses any node or procesor, (1 node and 1 procesor by default) and apears in queue as &quot;C&quot; state.<br><br>The tophat_scriptb.err looks like this:<br><br>/opt/torque/mom_priv/jobs/<a href="http://22825.sistemas-genom8.sistemas.local.SC" target="_blank">22825.sistemas-genom8.sistemas.local.SC</a>: line 9: ./tophat: No such file or directory<br>

<br>How the hell i can specify the path to my script location because i&#39;ve tried doing cd like the script above and using PBS_O_PATH but nothing seems to work..<br><br>Thanks for help :)<br></blockquote><div><br></div>
<div>Perhaps &#39;tophat&#39; is on your submitting machine only, and not on your execution node?</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" target="_blank">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Kevin Van Workum, PhD<br>Sabalcore Computing Inc.<br>Run your code on 500 processors.<br>Sign up for a free trial account.<br><a href="http://www.sabalcore.com">www.sabalcore.com</a><br>
877-492-8027 ext. 11<br>