Hi <div><br></div><div>This is the nodes file, which is correct as far as I know:</div><div><div><a href="http://wonko1.bi.up.ac.za">wonko1.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko2.bi.up.ac.za">wonko2.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div>
<div><a href="http://wonko3.bi.up.ac.za">wonko3.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko4.bi.up.ac.za">wonko4.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko5.bi.up.ac.za">wonko5.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div>
<div><a href="http://wonko6.bi.up.ac.za">wonko6.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko7.bi.up.ac.za">wonko7.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko8.bi.up.ac.za">wonko8.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div>
<div><a href="http://wonko9.bi.up.ac.za">wonko9.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko10.bi.up.ac.za">wonko10.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko11.bi.up.ac.za">wonko11.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div>
<div><a href="http://wonko12.bi.up.ac.za">wonko12.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko13.bi.up.ac.za">wonko13.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div><div><a href="http://wonko14.bi.up.ac.za">wonko14.bi.up.ac.za</a> np=8 lcgpro</div>
<div><br></div><div>regards</div><br>-- max(∫(εὐδαιμονία)dt)<br><br>Dr Gordon Wells<br>Bioinformatics and Computational Biology Unit<br>Department of Biochemistry<br>University of Pretoria<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On 6 October 2010 18:26, Ibad Kureshi U0850037 <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:U0850037@hud.ac.uk">U0850037@hud.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">






<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">Could you show us whats in the
</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">$PBS_HOME/server_priv/nodes file</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">($PBS_HOME is typlically /var/spool/pbs/)</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">Regards</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">-Ibad</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt"> <a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org" target="_blank">torqueusers-bounces@supercluster.org</a> [mailto:<a href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org" target="_blank">torqueusers-bounces@supercluster.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>Gordon Wells<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, October 06, 2010 9:38 AM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:torqueusers@supercluster.org" target="_blank">torqueusers@supercluster.org</a><br>
<b>Subject:</b> [torqueusers] PBS_NODEFILE incomplete (entries for last(?) node only)</span></p>
</div><div><div></div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"> </p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I&#39;m having trouble running mpi jobs when  nodes=x with x greater than the number of cores per node. The system comprises 14 nodes with 8 cores/cpus each. When x &gt; 8 it seems to only have entries for the last node, ie 4 lines if I use &quot;-l
 nodes=12&quot;. I&#39;ve tried various combinations with &quot;nodes=x:ppn=y&quot; as well, no luck. What could be wrong?</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks in advance</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Gordon</p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
-- max(∫(ε<span>ὐ</span>δαιμονία)dt)<br>
<br>
Dr Gordon Wells<br>
Bioinformatics and Computational Biology Unit<br>
Department of Biochemistry<br>
University of Pretoria</p>
</div></div></div>
<br>
<hr>
<font face="Arial" color="Gray" size="1"><br>
---<br>
This transmission is confidential and may be legally privileged. If you receive it in error, please notify us immediately by e-mail and remove it from your system. If the content of this e-mail does not relate to the business of the University of Huddersfield,
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</font>
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<br></blockquote></div><br></div>