<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
On 10/05/2010 08:59 AM, Mark A. White wrote:
<blockquote cite="mid:1286290779.23472.22.camel@localhost" type="cite">
  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  <meta name="GENERATOR" content="GtkHTML/3.28.3">
Hello,<br>
  <br>
Has anyone experienced a problem with PBS/Torque delaying execution of
jobs, even when adequate resources are available?  In my experience,
this is not a repeatable problem, sometimes 100 jobs will be launched
simultaneously, and another time 5 of fifty will be delayed, with no
apparent difference in circumstances.<br>
  <br>
Any ideas how to debug this problem?<br>
  <br>
Mark<br>
  <br>
  <br>
On Wed, 2010-09-29 at 17:24 -0500, Mark A. White wrote:<br>
  <blockquote type="CITE"> Hello,<br>
    <br>
A user is experience an apparently random issue with the Torque/PDB
scheduler delaying execution of jobs, even when adequate resources are
available.  <br>
    <br>
He will submit a batch of 50 or 100 small jobs simultaneously (in a
single script). Sometimes all 50 or 100 jobs will run.  At other times
several jobs will be held until the other finish (just a few minutes). 
This does not seem to relate to the available resources: there is not a
conflict with other jobs queued or running.<br>
    <br>
    <br>
Has anyone else experienced this, know what the cause and solution to
the problem might be?<br>
    <br>
System:<br>
torque 2.1.9-1<br>
CentOS 5.2<br>
120 processor cluster (15 boxes, 64 bit dual quad-core opterons)<br>
    <br>
    <table cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
      <tbody>
        <tr>
          <td>
          <table cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
            <tbody>
              <tr>
                <td>
Yours sincerely,<br>
                <br>
Mark A. White, Ph.D.<br>
Associate Professor of Biochemistry and Molecular Biology, <br>
Manager, Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics
X-ray Crystallography Laboratory,<br>
Basic Science Building, Room 6.660 C<br>
University of Texas Medical Branch<br>
Galveston, TX 77555-0647<br>
Tel. (409) 747-4747<br>
Cell. (281) 734-3614<br>
Fax. (409) 747-1404<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto://mawhite@utmb.edu">mailto://mawhite@utmb.edu</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://xray.utmb.edu">http://xray.utmb.edu</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://xray.utmb.edu/~white">http://xray.utmb.edu/~white</a>
                </td>
              </tr>
            </tbody>
          </table>
          </td>
        </tr>
      </tbody>
    </table>
  </blockquote>
  <br>
  <table cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
    <tbody>
      <tr>
        <td>
        <table cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
          <tbody>
            <tr>
              <td>
Yours sincerely,<br>
              <br>
Mark A. White, Ph.D.<br>
Associate Professor of Biochemistry and Molecular Biology, <br>
Manager, Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics
X-ray Crystallography Laboratory,<br>
Basic Science Building, Room 6.660 C<br>
University of Texas Medical Branch<br>
Galveston, TX 77555-0647<br>
Tel. (409) 747-4747<br>
Cell. (281) 734-3614<br>
Fax. (409) 747-1404<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto://mawhite@utmb.edu">mailto://mawhite@utmb.edu</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://xray.utmb.edu">http://xray.utmb.edu</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://xray.utmb.edu/~white">http://xray.utmb.edu/~white</a>
              </td>
            </tr>
          </tbody>
        </table>
        </td>
      </tr>
    </tbody>
  </table>
  <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
torqueusers mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a>
  </pre>
</blockquote>
What are you using as a scheduler?<br>
<br>
Ken Nielson<br>
Adaptive Computing<br>
</body>
</html>