<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">
<HTML>
<HEAD>
  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">
  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.28.3">
</HEAD>
<BODY TEXT="#000000" BGCOLOR="#ffffff">
Ken,<BR>
<BR>
We are using a basic PBS/Torque installation, with the torque-scheduler, on CentoOS5.<BR>
<BR>
Thanks,<BR>
Mark<BR>
<BR>
torque-client-2.1.9-1cri<BR>
torque-devel-2.1.9-1cri<BR>
torque-server-2.1.9-1cri<BR>
torque-2.1.9-1cri<BR>
torque-scheduler-2.1.9-1cri<BR>
torque-head-1.0-1<BR>
torque-gui-2.1.9-1cri<BR>
torque-docs-2.1.9-1cri<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
On Tue, 2010-10-05 at 10:00 -0500, Ken Nielson wrote:<BR>
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    On 10/05/2010 08:59 AM, Mark A. White wrote: <BR>
    <BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
        Hello,<BR>
        <BR>
        Has anyone experienced a problem with PBS/Torque delaying execution of jobs, even when adequate resources are available?&nbsp; In my experience, this is not a repeatable problem, sometimes 100 jobs will be launched simultaneously, and another time 5 of fifty will be delayed, with no apparent difference in circumstances.<BR>
        <BR>
        Any ideas how to debug this problem?<BR>
        <BR>
        Mark<BR>
        <BR>
        <BR>
        On Wed, 2010-09-29 at 17:24 -0500, Mark A. White wrote:<BR>
        <BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
            Hello,<BR>
            <BR>
            A user is experience an apparently random issue with the Torque/PDB scheduler delaying execution of jobs, even when adequate resources are available.&nbsp; <BR>
            <BR>
            He will submit a batch of 50 or 100 small jobs simultaneously (in a single script). Sometimes all 50 or 100 jobs will run.&nbsp; At other times several jobs will be held until the other finish (just a few minutes).&nbsp; This does not seem to relate to the available resources: there is not a conflict with other jobs queued or running.<BR>
            <BR>
            <BR>
            Has anyone else experienced this, know what the cause and solution to the problem might be?<BR>
            <BR>
            System:<BR>
            torque 2.1.9-1<BR>
            CentOS 5.2<BR>
            120 processor cluster (15 boxes, 64 bit dual quad-core opterons)<BR>
            <BR>
            <TABLE CELLSPACING="0" CELLPADDING="0" WIDTH="100%">
<TR>
<TD>
<TABLE CELLSPACING="0" CELLPADDING="0" WIDTH="100%">
<TR>
<TD>
Yours sincerely,<BR>
<BR>
Mark A. White, Ph.D.<BR>
Associate Professor of Biochemistry and Molecular Biology, <BR>
Manager, Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics X-ray Crystallography Laboratory,<BR>
Basic Science Building, Room 6.660 C<BR>
University of Texas Medical Branch<BR>
Galveston, TX 77555-0647<BR>
Tel. (409) 747-4747<BR>
Cell. (281) 734-3614<BR>
Fax. (409) 747-1404<BR>
<A HREF="mailto://mawhite@utmb.edu">mailto://mawhite@utmb.edu</A><BR>
<A HREF="http://xray.utmb.edu">http://xray.utmb.edu</A><BR>
<A HREF="http://xray.utmb.edu/~white">http://xray.utmb.edu/~white</A> 
</TD>
</TR>
</TABLE>
</TD>
</TR>
</TABLE>
        </BLOCKQUOTE>
        <BR>
        <TABLE CELLSPACING="0" CELLPADDING="0" WIDTH="100%">
<TR>
<TD>
<TABLE CELLSPACING="0" CELLPADDING="0" WIDTH="100%">
<TR>
<TD>
Yours sincerely,<BR>
<BR>
Mark A. White, Ph.D.<BR>
Associate Professor of Biochemistry and Molecular Biology, <BR>
Manager, Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics X-ray Crystallography Laboratory,<BR>
Basic Science Building, Room 6.660 C<BR>
University of Texas Medical Branch<BR>
Galveston, TX 77555-0647<BR>
Tel. (409) 747-4747<BR>
Cell. (281) 734-3614<BR>
Fax. (409) 747-1404<BR>
<A HREF="mailto://mawhite@utmb.edu">mailto://mawhite@utmb.edu</A><BR>
<A HREF="http://xray.utmb.edu">http://xray.utmb.edu</A><BR>
<A HREF="http://xray.utmb.edu/~white">http://xray.utmb.edu/~white</A> 
</TD>
</TR>
</TABLE>
</TD>
</TR>
</TABLE>
<PRE>

_______________________________________________
torqueusers mailing list
<A HREF="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</A>
<A HREF="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</A>
  
</PRE>
    </BLOCKQUOTE>
    What are you using as a scheduler?<BR>
    <BR>
    Ken Nielson<BR>
    Adaptive Computing<BR>
</BLOCKQUOTE>
<BR>
<TABLE CELLSPACING="0" CELLPADDING="0" WIDTH="100%">
<TR>
<TD>
<TABLE CELLSPACING="0" CELLPADDING="0" WIDTH="100%">
<TR>
<TD>
Yours sincerely,<BR>
<BR>
Mark A. White, Ph.D.<BR>
Associate Professor of Biochemistry and Molecular Biology, <BR>
Manager, Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics X-ray Crystallography Laboratory,<BR>
Basic Science Building, Room 6.660 C<BR>
University of Texas Medical Branch<BR>
Galveston, TX 77555-0647<BR>
Tel. (409) 747-4747<BR>
Cell. (281) 734-3614<BR>
Fax. (409) 747-1404<BR>
mailto://mawhite@utmb.edu<BR>
http://xray.utmb.edu<BR>
http://xray.utmb.edu/~white
</TD>
</TR>
</TABLE>
</TD>
</TR>
</TABLE>
</BODY>
</HTML>