<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<title>Re: [torqueusers] mpirun doesn't take into accountthe qsub argument.</title>
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@SimSun";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Verdana;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Webdings;
        panose-1:5 3 1 2 1 5 9 6 7 3;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=FR link=blue vlink=purple>

<div class=WordSection1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Hello, <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Torque and mpirun work correctly but We have got a another problem
now:<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Our server run under bash SHELL. We add in the the .bashrc with
several environmental variables.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>After the reload of the .bashrc file (source .bashrc), they are
all implemented but not under a qsub.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>A attached you our script submitted to torque through qsub , the
result and out .bashrc.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>The &#8220;env&#8221; edition shows us a strange behavior for
PATH as exemple:<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>The PATH specified in the .bashrc is affected to the PATH_O_PBS but
the standard PATH is only set to /bin and /usr/bin<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'> <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Any idea ?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Regards<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Ing. Claude DEROGNAT, PhD<i><br>
</i></span><b><span lang=EN-US style='font-size:18.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:lime'>ARIA</span></b><b><span lang=EN-US style='font-size:7.5pt;
font-family:"Calibri","sans-serif";color:lime'> </span></b><b><span lang=EN-US
style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>TECHNOLOGIES
</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>SA<br>
8-10, rue de la&nbsp;Ferme<b> - </b>92100&nbsp; Boulogne-Billancourt&nbsp;<b> </b>-
France<br>
tél. / <i>phone:</i> 33 (0</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:
"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>)1 46 08 68 60<br>
ligne directe / <i>direct line: </i>33 (0)1 46 08 68 65<br>
fax: 33 (0)1 41 41 93 17<br>
e-mail: </span><u><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:blue'><a href="mailto:cderognat@aria.fr"><span style='font-size:11.0pt'>cderognat@aria.fr</span></a></span></u><b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>-
http : <a href="http://www.aria.fr">www.aria.fr</a></span><span
style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><b><span lang=EN-GB style='font-size:18.0pt;font-family:
Webdings;color:#009900'>P</span></b><b><i><span lang=EN-GB style='font-size:
9.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#009900'> </span></i></b><b><i><span
style='font-size:7.5pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#009900'>Avant
d'imprimer ce courriel</span></i></b><i><span style='font-size:7.5pt;
font-family:"Calibri","sans-serif";color:#009900'>, réfléchissez à l'impact sur
<b>l'environnement, et dans la mesure du possible éditez les documents en recto
verso, merci!</b></span></i><span style='color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>De&nbsp;:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>
torqueusers-bounces@supercluster.org
[mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org] <b>De la part de</b> Christopher
Samuel<br>
<b>Envoyé&nbsp;:</b> jeudi 6 mai 2010 20:46<br>
<b>À&nbsp;:</b> torqueusers@supercluster.org<br>
<b>Objet&nbsp;:</b> Re: [torqueusers] mpirun doesn't take into accountthe qsub
argument.<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p><span style='font-size:10.0pt'>On 06/05/10 14:39, Claude DEROGNAT wrote:<br>
<br>
&gt; This the correct option for Open-MPI,&nbsp; It works perfectly<br>
<br>
Great!<br>
<br>
&gt; Thank you very much for your help ï¿½<br>
<br>
Not a problem, glad it was that easy! ;-)<br>
<br>
cheers,<br>
Chris<br>
--<br>
&nbsp; Christopher Samuel - Senior Systems Administrator<br>
&nbsp; VLSCI - Victorian Life Sciences Computational Initiative<br>
&nbsp; Email: samuel@unimelb.edu.au Phone: +61 (0)3 903 55545<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a
href="http://www.vlsci.unimelb.edu.au/">http://www.vlsci.unimelb.edu.au/</a></span><o:p></o:p></p>

</div>

</body>

</html>