<html><head><base href="x-msg://64/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Can you SSH from one node to the next without passwords etc?<div><br></div><div><br></div><div><br><div><div>On 23 Jan 2010, at 23:03, 이정현 wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div lang="KO" link="blue" vlink="purple"><div class="Section1"><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">Hi all.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">I have little (but serious) problem when submitting a job using mpirun.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">There’s no problem with just “1” node (many processors) like below.<o:p></o:p></span></div><div style="border-top-style: none; border-right-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: windowtext; border-bottom-width: 1pt; padding-top: 0cm; padding-right: 0cm; padding-bottom: 1pt; padding-left: 0cm; "><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; border-top-style: none; border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; padding-top: 0cm; padding-right: 0cm; padding-bottom: 0cm; padding-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">(job script)<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">#!/bin/sh<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">#PBS -l nodes=1:ppn=2<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">#PBS -j oe<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">echo "HOSTNAME : $HOSTNAME"<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">echo "PBS_NODEFILE = $PBS_NODEFILE"<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">cat $PBS_NODEFILE<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">mpirun /home/jhlee/test_program<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">echo "finish : $(date)"<o:p></o:p></span></div><div style="border-top-style: solid; border-top-color: windowtext; border-top-width: 1pt; border-left-style: none; border-left-width: initial; border-left-color: initial; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: windowtext; border-bottom-width: 1pt; border-right-style: none; border-right-width: initial; border-right-color: initial; padding-top: 1pt; padding-right: 0cm; padding-bottom: 1pt; padding-left: 0cm; "><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; border-top-style: none; border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; padding-top: 0cm; padding-right: 0cm; padding-bottom: 0cm; padding-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; border-top-style: none; border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; padding-top: 0cm; padding-right: 0cm; padding-bottom: 0cm; padding-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">(result) – test_program just prints message whether it is executed by mpirun or not.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">start&nbsp; : Sun Jan 24 07:46:27 KST 2010<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">HOSTNAME : simulation01<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">PBS_NODEFILE = /var/spool/torque/aux//31.simulation00<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">simulation01<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">simulation01<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">Detected OpenMPI Runtime Environment<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">Detected OpenMPI Runtime Environment<o:p></o:p></span></div><div style="border-top-style: none; border-right-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: windowtext; border-bottom-width: 1pt; padding-top: 0cm; padding-right: 0cm; padding-bottom: 1pt; padding-left: 0cm; "><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; border-top-style: none; border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; padding-top: 0cm; padding-right: 0cm; padding-bottom: 0cm; padding-left: 0cm; "><span lang="EN-US">finish : Sun Jan 24 07:46:29 KST 2010<o:p></o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">But with many nodes like below, mpirun cannot make test_program start.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">#PBS -l nodes=2:ppn=2 (other things are same)<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">I can’t find any process. There’s only mpirun, no ‘test_program’. Please check the ‘ps’ result below.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">21680 ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;0:00 mpirun /home/jhlee/test_program<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">21684 ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ss&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0:00 bash -c ps ax | grep test<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">21712 ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; R&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0:00 grep test<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 18pt; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; text-indent: -18pt; "><span lang="EN-US"><span>1.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span><span lang="EN-US">mpirun(not via TORQUE) works correctly.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 18pt; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; text-indent: -18pt; "><span lang="EN-US"><span>2.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span><span lang="EN-US">OpenMPI was built with –with-tm option.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 18pt; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; text-indent: -18pt; "><span lang="EN-US"><span>3.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span><span lang="EN-US">iptables, selinux has been shutdown already. And no password is required to connect other nodes using ssh.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 18pt; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; text-indent: -18pt; "><span lang="EN-US"><span>4.<span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span></span><span lang="EN-US">OpenMPI 1.4.1, TORQUE 2.4.4<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">What can I check to solve this ?<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US">Thanks.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US" style="font-family: Tahoma, sans-serif; color: black; ">-------------------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US" style="font-family: Tahoma, sans-serif; color: black; "><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US" style="font-family: Tahoma, sans-serif; color: black; ">Jeong-hyun Lee<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US" style="font-family: Tahoma, sans-serif; color: black; "><o:p>&nbsp;</o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US" style="font-family: Tahoma, sans-serif; color: black; ">Visual Simulation Laboratory<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US" style="font-family: Tahoma, sans-serif; color: black; ">Department of Computer Science and Engineering<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US" style="font-family: Tahoma, sans-serif; color: black; ">Dongguk University, Seoul, Korea<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0cm; text-align: justify; font-size: 10pt; font-family: '맑은 고딕'; "><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></div></div>_______________________________________________<br>torqueusers mailing list<br><a href="mailto:torqueusers@supercluster.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">torqueusers@supercluster.org</a><br><a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br></div></span></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><div><br class="Apple-interchange-newline">---------------------------------------------------------------------------------------</div><div>Si Hammond</div><div><br></div><div>Research &amp;&nbsp;Knowledge Transfer Associate</div><div>Performance Modelling, Analysis and Optimisation Team</div><div>High Performance Systems Group</div><div>Department of Computer Science</div><div>University of Warwick, CV4 7AL, UK</div><div><a href="http://go.warwick.ac.uk/hpsg">http://go.warwick.ac.uk/hpsg</a></div><div>----------------------------------------------------------------------------------------</div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; "><br></span></div></span></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>