<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<META content="MSHTML 6.00.2900.5848" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=507134715-15012010>Hi 
Seb,</SPAN></FONT></DIV>
<DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=507134715-15012010>By 
default, the stdout and stderr files from a torque job are spooled in a 
directory on the compute node, and are only delivered to the user<SPAN 
class=117520116-15012010>'</SPAN>s working directory as and when the job 
completes. You can, however, override this behaviour (in other words you can 
turn off this spooling) by using the -k flag on the qsub command. So if you 
submit a job like so...</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=507134715-15012010>qsub 
-k oe myjob</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=507134715-15012010>then 
the stdout and stderr files of myjob will be created in the home directory of 
the submitting user in real time. In other words the output files will appear in 
the user's home directory as and when the job starts, and it is possible to 
monitor these files as and when the job is executing.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=507134715-15012010>At our 
site, we have decided to create a wrapper script qsub like 
so..</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010>#!/bin/sh<BR># script to run qsub - David Baker 
01.10.2009<BR># Job output files aren't spooled in /var/spool/torque<BR># 
Instead they go straight to working 
directory<BR>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010>/local/software/torque/default/bin/qsub.real -k oe 
$*</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=507134715-15012010>This 
means that user only need to do "qsub myjob", and the output files appear in 
their home directory. On our diskless compute nodes we don't want output files 
taking up valuable memory, and hence our reasoning for not spooling the output 
files. I hope this helps.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=507134715-15012010></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=507134715-15012010>Best 
-- David.</SPAN></FONT><BR></DIV></DIV>
<DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left>
<HR tabIndex=-1>
<FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> torqueusers-bounces@supercluster.org 
[mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org] <B>On Behalf Of 
</B>Seb<BR><B>Sent:</B> 15 January 2010 15:42<BR><B>To:</B> 
torqueusers@supercluster.org; Garrick Staples<BR><B>Subject:</B> [torqueusers] 
stdout<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV></DIV>
<TABLE cellSpacing=0 cellPadding=0 border=0>
  <TBODY>
  <TR>
    <TD vAlign=top>
      <P class=plainMail>Hi,
      <DIV></DIV>
      <P class=plainMail>&nbsp;
      <DIV></DIV>
      <P class=plainMail>How can I have the STDOUT and STDERR of a job appear in 
      the user's $HOME directory while the job runs? They currently 
      appear&nbsp;inside /var/spool/torque/stool&nbsp;in the&nbsp;computing 
      node. That's not very convenient. How can I change that?
      <DIV></DIV>
      <P class=plainMail>&nbsp;
      <DIV></DIV>
      <P class=plainMail>thanks,
      <DIV></DIV>
      <P class=plainMail>Seb
      <DIV></DIV></TD></TR></TBODY></TABLE><BR></BODY></HTML>