<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
actually, after several compiling problems, I forgot to install
mpich-mx on all nodes.<br>
<span id="result_box" class="short_text"><span
 style="background-color: rgb(255, 255, 255);"
 title="grazie molte per il tuo suggerimento">Thanks very much for your
suggestion.</span></span><br>
<br>
Greenseid, Joseph M (IS) ha scritto:
<blockquote
 cite="mid:D089B7B0C0FBCD498494B5A0AA74827D02117AD9@XMBIL112.northgrum.com"
 type="cite">
  <title>[torqueusers] problem PBS torque when submit job with MPICH</title>
  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; ">
  <meta content="MSHTML 6.00.6000.16939" name="GENERATOR">
  <div id="idOWAReplyText83905" dir="ltr">
  <div dir="ltr"><font color="#000000" face="Arial" size="2">Does
/opt/mpich-mx/bin/mpirun exist on the compute nodes?&nbsp; It exists on your
head node, so when you run it directly from the command line, it works
fine.&nbsp; However, Torque will run the contents of the job script from the
first node in the node set it gives you.&nbsp; If that isn't installed on
the back end nodes, that'd be your problem.</font></div>
  <div dir="ltr">&nbsp;</div>
  <div dir="ltr"><font face="Arial" size="2">--Joe</font></div>
  </div>
  <div dir="ltr"><br>
  <hr tabindex="-1">
  <font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:torqueusers-bounces@supercluster.org">torqueusers-bounces@supercluster.org</a> on behalf of Luca Nannipieri<br>
  <b>Sent:</b> Mon 11/30/2009 6:20 AM<br>
  <b>To:</b> torqueusers<br>
  <b>Subject:</b> [torqueusers] problem PBS torque when submit job with
MPICH<br>
  </font><br>
  </div>
  <div>
  <p><font size="2">we have a Rocks 5.0 installation with PBS/torque
roll, myrinet-mx roll<br>
and intel roll.<br>
If compile my program with /opt/mpich-mx/bin/mpif90&nbsp; and run with<br>
/opt/mpich-mx/bin/mpirun without PBS, the job works fine without errors.<br>
If we submitted the same job with PBS torque, received the follow error:<br>
  <br>
/opt/torque/mom_priv/jobs/1094.hpc2.pi.ingv.it.SC: line 12:<br>
/opt/mpich-mx/bin/mpirun: No such file or directory<br>
  <br>
  <br>
you can see the job script below:<br>
  <br>
#---------------------------------------------<br>
#!/bin/sh<br>
#PBS -l nodes=5:ppn=4<br>
#PBS -l walltime=240:00:00<br>
#PBS -A ongaro<br>
#PBS -N prova_intel-mx<br>
#PBS -m abe<br>
#PBS -M <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:nannipieri@pi.ingv.it">nannipieri@pi.ingv.it</a><br>
export PBS_RSHCOMMAND=/usr/bin/ssh<br>
export RSHCOMMAND=/usr/bin/ssh<br>
cd $PBS_O_WORKDIR<br>
/opt/mpich-mx/bin/mpirun -np 20 -machinefile $PBS_NODEFILE<br>
/home/nannipieri/pdac_intel-mx.x<br>
#---------------------------------------------<br>
  <br>
we do not understand where is the problem.<br>
  <br>
--<br>
Ing. Luca Nannipieri<br>
Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia<br>
Sezione di Pisa<br>
Via della Faggiola, 32 - 56126 Pisa - Italy<br>
Tel. +39 050 8311926<br>
fax: +39 050 8311942<br>
  <a moz-do-not-send="true"
 href="http://www.pi.ingv.it/Pagine_personali/nannipieri.html">http://www.pi.ingv.it/Pagine_personali/nannipieri.html</a><br>
  <br>
_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><br>
  <a moz-do-not-send="true"
 href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
  </font></p>
  </div>
</blockquote>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Ing. Luca Nannipieri
Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia
Sezione di Pisa
Via della Faggiola, 32 - 56126 Pisa - Italy
Tel. +39 050 8311926
fax: +39 050 8311942
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.pi.ingv.it/Pagine_personali/nannipieri.html">http://www.pi.ingv.it/Pagine_personali/nannipieri.html</a></pre>
</body>
</html>