<HTML dir=ltr><HEAD><TITLE>[torqueusers] problem PBS torque when submit job with MPICH</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=unicode">
<META content="MSHTML 6.00.6000.16939" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV id=idOWAReplyText83905 dir=ltr>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Does /opt/mpich-mx/bin/mpirun exist on the compute nodes?&nbsp; It exists on your head node, so when you run it directly from the command line, it works fine.&nbsp; However, Torque will run the contents of the job script from the first node in the node set it gives you.&nbsp; If that isn't installed on the back end nodes, that'd be your problem.</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>--Joe</FONT></DIV></DIV>
<DIV dir=ltr><BR>
<HR tabIndex=-1>
<FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> torqueusers-bounces@supercluster.org on behalf of Luca Nannipieri<BR><B>Sent:</B> Mon 11/30/2009 6:20 AM<BR><B>To:</B> torqueusers<BR><B>Subject:</B> [torqueusers] problem PBS torque when submit job with MPICH<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV>
<P><FONT size=2>we have a Rocks 5.0 installation with PBS/torque roll, myrinet-mx roll<BR>and intel roll.<BR>If compile my program with /opt/mpich-mx/bin/mpif90&nbsp; and run with<BR>/opt/mpich-mx/bin/mpirun without PBS, the job works fine without errors.<BR>If we submitted the same job with PBS torque, received the follow error:<BR><BR>/opt/torque/mom_priv/jobs/1094.hpc2.pi.ingv.it.SC: line 12:<BR>/opt/mpich-mx/bin/mpirun: No such file or directory<BR><BR><BR>you can see the job script below:<BR><BR>#---------------------------------------------<BR>#!/bin/sh<BR>#PBS -l nodes=5:ppn=4<BR>#PBS -l walltime=240:00:00<BR>#PBS -A ongaro<BR>#PBS -N prova_intel-mx<BR>#PBS -m abe<BR>#PBS -M nannipieri@pi.ingv.it<BR>export PBS_RSHCOMMAND=/usr/bin/ssh<BR>export RSHCOMMAND=/usr/bin/ssh<BR>cd $PBS_O_WORKDIR<BR>/opt/mpich-mx/bin/mpirun -np 20 -machinefile $PBS_NODEFILE<BR>/home/nannipieri/pdac_intel-mx.x<BR>#---------------------------------------------<BR><BR>we do not understand where is the problem.<BR><BR>--<BR>Ing. Luca Nannipieri<BR>Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia<BR>Sezione di Pisa<BR>Via della Faggiola, 32 - 56126 Pisa - Italy<BR>Tel. +39 050 8311926<BR>fax: +39 050 8311942<BR><A href="http://www.pi.ingv.it/Pagine_personali/nannipieri.html">http://www.pi.ingv.it/Pagine_personali/nannipieri.html</A><BR><BR>_______________________________________________<BR>torqueusers mailing list<BR>torqueusers@supercluster.org<BR><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</A><BR></FONT></P></DIV></BODY></HTML>