<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Prakash,<br>
The nuwa.py script looks like this:<br>
<br>
#!/usr/bin/env python<br>
<br>
<br>
if '__main__' == __name__:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; from DybPython.Control import main<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; nuwa = main()<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; nuwa.run()<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; nuwa.finalize()<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; pass #end<br>
<br>
I believe it calls some other script too(FullChain.py i believe). I am
not sure since I am testing this script on someone's behalf.<br>
Thanks,<br>
Abhi.<br>
<br>
<br>
Prakash Velayutham wrote:
<blockquote cite="mid:D9180F42-319A-4634-99CC-EC7E70619713@cchmc.org"
 type="cite">
  <div>Hi,</div>
  <div><br>
  </div>
I am not sure why you are seeing this difference. Without the actual
code (nuwa.py) I can't think of a way to reproduce or debug it. I can
confirm that the Torque scheduling happens as expected, so nothing
wrong with the PBS directives themselves. Sorry.
  <div><br>
  </div>
  <div>Prakash</div>
  <div><br>
  <div>
  <div>On Jul 13, 2009, at 11:15 PM, Abhishek Gupta wrote:</div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  <blockquote type="cite">
    <div bgcolor="#ffffff" text="#000000"> Here is the script we are
running. This is basically a test script of the actual script to test
the performance.<br>
    <br>
#!/bin/bash<br>
#PBS -j oe<br>
#PBS -o qsub1.out<br>
#PBS -m ae<br>
###PBS -M <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated"
 href="mailto:abhig@princeton.edu">abhig@princeton.edu</a><br>
#PBS -l cput=36:0:0<br>
###PBS -l mem=1GB<br>
#PBS -l nodes=node022<br>
    <br>
date<br>
echo "start"<br>
export PATH=.:$PATH<br>
    <br>
source /mnt/dayabay/trunk-source<br>
cd /mnt/dayabay/project/speedtest<br>
    <br>
time nuwa.py -l4 -n100 -H 345788 -o test1.root -m FullChain &gt;
test1.log<br>
    <br>
echo "finish"<br>
date<br>
    <br>
    <br>
The command I run during interactively were <br>
# qsub -I run.sh<br>
    <br>
This took us to node022 and then <br>
# run.sh<br>
run.sh is the name of the script I wrote above.<br>
    <br>
When job was finished, I run exit.<br>
    <br>
Abhi.<br>
    <br>
Prakash Velayutham wrote:
    <blockquote
 cite="mid:4241CB28-8311-49E4-9636-B863DA13FA83@cchmc.org" type="cite">Send
your job commands when you run them interactively and also send the
contents of your batch file.
      <div><br>
      </div>
      <div>Prakash</div>
      <div><br>
      <div>
      <div>On Jul 13, 2009, at 4:42 PM, <a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:abhig@Princeton.EDU">abhig@Princeton.EDU</a> wrote:</div>
      <br class="Apple-interchange-newline">
      <blockquote type="cite"> Hi Prakash,<br>
Thanks for your reply. I tried running job interactively and it seems
that it is running normal. But ssh based job is running slow. Any
further suggestion?<br>
Abhi.<br>
        <br>
        <br>
        <br>
        <span style="font-weight: bold;">On Mon 13/07/09 4:06 PM ,
Prakash Velayutham <a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:prakash.velayutham@cchmc.org">prakash.velayutham@cchmc.org</a>
sent:<br>
        </span>
        <blockquote
 style="border-left: 2px solid rgb(245, 245, 245); margin-left: 5px; margin-right: 0px; padding-left: 5px; padding-right: 0px;"><defanged_body
 style="">What is the job? And what does your batch file look like?</defanged_body>
          <div><br>
          </div>
          <div>The best way to debug would be to use "qsub -I" and see
if interactive PBS job also runs slow compared to a direct SSH-based
job (job being the same). Then go from there.</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Prakash</div>
          <div><br>
          <div>
          <div>On Jul 13, 2009, at 3:55 PM, <a moz-do-not-send="true"
 href="javascript:top.opencompose('abhig@Princeton.EDU','','','')">abhig@Princeton.EDU</a>
wrote:</div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
            <div
 style="font-family: Arial,Helvetica,sans-serif; font-size: 12px;">Hi
All,<br>
The jobs with PBS are running very slow. Earlier I was thinking that it
might be because of rcp so I tried configuring a node with usecp. The
log file shows that it read the usecp parameter but the speed is still
slow. Can someone suggest me anything? The same job running
interactively take almost half the time.<br>
Thanks,<br>
Abhi.<br>
_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
            <a moz-do-not-send="true"
 href="javascript:top.opencompose('torqueusers@supercluster.org','','','')">torqueusers@supercluster.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
 href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
            </div>
            </span></blockquote>
          </div>
          <br>
          </div>
        </blockquote>
      </blockquote>
      </div>
      <br>
      </div>
    </blockquote>
    </div>
  </blockquote>
  </div>
  <br>
  </div>
</blockquote>
</body>
</html>