<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi,</div><div><br></div>I am not sure why you are seeing this difference. Without the actual code (nuwa.py) I can't think of a way to reproduce or debug it. I can confirm that the Torque scheduling happens as expected, so nothing wrong with the PBS directives themselves. Sorry.<div><br></div><div>Prakash</div><div><br><div><div>On Jul 13, 2009, at 11:15 PM, Abhishek Gupta wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"> <div bgcolor="#ffffff" text="#000000"> Here is the script we are running. This is basically a test script of the actual script to test the performance.<br> <br> #!/bin/bash<br> #PBS -j oe<br> #PBS -o qsub1.out<br> #PBS -m ae<br> ###PBS -M <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:abhig@princeton.edu">abhig@princeton.edu</a><br> #PBS -l cput=36:0:0<br> ###PBS -l mem=1GB<br> #PBS -l nodes=node022<br> <br> date<br> echo "start"<br> export PATH=.:$PATH<br> <br> source /mnt/dayabay/trunk-source<br> cd /mnt/dayabay/project/speedtest<br> <br> time nuwa.py -l4 -n100 -H 345788 -o test1.root -m FullChain &gt; test1.log<br> <br> echo "finish"<br> date<br> <br> <br> The command I run during interactively were <br> # qsub -I run.sh<br> <br> This took us to node022 and then <br> # run.sh<br> run.sh is the name of the script I wrote above.<br> <br> When job was finished, I run exit.<br> <br> Abhi.<br> <br> Prakash Velayutham wrote: <blockquote cite="mid:4241CB28-8311-49E4-9636-B863DA13FA83@cchmc.org" type="cite">Send your job commands when you run them interactively and also send the contents of your batch file.  <div><br>  </div>  <div>Prakash</div>  <div><br>  <div>  <div>On Jul 13, 2009, at 4:42 PM, <a moz-do-not-send="true" href="mailto:abhig@Princeton.EDU">abhig@Princeton.EDU</a> wrote:</div>  <br class="Apple-interchange-newline">  <blockquote type="cite"> Hi Prakash,<br> Thanks for your reply. I tried running job interactively and it seems that it is running normal. But ssh based job is running slow. Any further suggestion?<br> Abhi.<br>    <br>    <br>    <br>    <span style="font-weight: bold;">On Mon 13/07/09 4:06 PM , Prakash Velayutham <a moz-do-not-send="true" href="mailto:prakash.velayutham@cchmc.org">prakash.velayutham@cchmc.org</a> sent:<br>    </span>    <blockquote style="border-left: 2px solid rgb(245, 245, 245); margin-left: 5px; margin-right: 0px; padding-left: 5px; padding-right: 0px;"><defanged_body style="">What is the job? And what does your batch file look like?</defanged_body>      <div><br>      </div>      <div>The best way to debug would be to use "qsub -I" and see if interactive PBS job also runs slow compared to a direct SSH-based job (job being the same). Then go from there.</div>      <div><br>      </div>      <div>Prakash</div>      <div><br>      <div>      <div>On Jul 13, 2009, at 3:55 PM, <a moz-do-not-send="true" href="javascript:top.opencompose('abhig@Princeton.EDU','','','')">abhig@Princeton.EDU</a> wrote:</div>      <br class="Apple-interchange-newline">      <blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">        <div style="font-family: Arial,Helvetica,sans-serif; font-size: 12px;">Hi All,<br> The jobs with PBS are running very slow. Earlier I was thinking that it might be because of rcp so I tried configuring a node with usecp. The log file shows that it read the usecp parameter but the speed is still slow. Can someone suggest me anything? The same job running interactively take almost half the time.<br> Thanks,<br> Abhi.<br> _______________________________________________<br> torqueusers mailing list<br>        <a moz-do-not-send="true" href="javascript:top.opencompose('torqueusers@supercluster.org','','','')">torqueusers@supercluster.org</a><br>        <a moz-do-not-send="true" href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>        </div>        </span></blockquote>      </div>      <br>      </div>    </blockquote>  </blockquote>  </div>  <br>  </div> </blockquote> </div> </blockquote></div><br></div></body></html>