<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Here is the script we are running. This is basically a test script of
the actual script to test the performance.<br>
<br>
#!/bin/bash<br>
#PBS -j oe<br>
#PBS -o qsub1.out<br>
#PBS -m ae<br>
###PBS -M <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:abhig@princeton.edu">abhig@princeton.edu</a><br>
#PBS -l cput=36:0:0<br>
###PBS -l mem=1GB<br>
#PBS -l nodes=node022<br>
<br>
date<br>
echo "start"<br>
export PATH=.:$PATH<br>
<br>
source /mnt/dayabay/trunk-source<br>
cd /mnt/dayabay/project/speedtest<br>
<br>
time nuwa.py -l4 -n100 -H 345788 -o test1.root -m FullChain &gt;
test1.log<br>
<br>
echo "finish"<br>
date<br>
<br>
<br>
The command I run during interactively were <br>
# qsub -I run.sh<br>
<br>
This took us to node022 and then <br>
# run.sh<br>
run.sh is the name of the script I wrote above.<br>
<br>
When job was finished, I run exit.<br>
<br>
Abhi.<br>
<br>
Prakash Velayutham wrote:
<blockquote cite="mid:4241CB28-8311-49E4-9636-B863DA13FA83@cchmc.org"
 type="cite">Send your job commands when you run them interactively and
also send the contents of your batch file.
  <div><br>
  </div>
  <div>Prakash</div>
  <div><br>
  <div>
  <div>On Jul 13, 2009, at 4:42 PM, <a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:abhig@Princeton.EDU">abhig@Princeton.EDU</a> wrote:</div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  <blockquote type="cite"> Hi Prakash,<br>
Thanks for your reply. I tried running job interactively and it seems
that it is running normal. But ssh based job is running slow. Any
further suggestion?<br>
Abhi.<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <span style="font-weight: bold;">On Mon 13/07/09 4:06 PM , Prakash
Velayutham <a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:prakash.velayutham@cchmc.org">prakash.velayutham@cchmc.org</a>
sent:<br>
    </span>
    <blockquote
 style="border-left: 2px solid rgb(245, 245, 245); margin-left: 5px; margin-right: 0px; padding-left: 5px; padding-right: 0px;"><defanged_body
 style="">What is the job? And what does your batch file look like?</defanged_body>
      <div><br>
      </div>
      <div>The best way to debug would be to use "qsub -I" and see if
interactive PBS job also runs slow compared to a direct SSH-based job
(job being the same). Then go from there.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Prakash</div>
      <div><br>
      <div>
      <div>On Jul 13, 2009, at 3:55 PM, <a moz-do-not-send="true"
 href="javascript:top.opencompose('abhig@Princeton.EDU','','','')">abhig@Princeton.EDU</a>
wrote:</div>
      <br class="Apple-interchange-newline">
      <blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
        <div
 style="font-family: Arial,Helvetica,sans-serif; font-size: 12px;">Hi
All,<br>
The jobs with PBS are running very slow. Earlier I was thinking that it
might be because of rcp so I tried configuring a node with usecp. The
log file shows that it read the usecp parameter but the speed is still
slow. Can someone suggest me anything? The same job running
interactively take almost half the time.<br>
Thanks,<br>
Abhi.<br>
_______________________________________________<br>
torqueusers mailing list<br>
        <a moz-do-not-send="true"
 href="javascript:top.opencompose('torqueusers@supercluster.org','','','')">torqueusers@supercluster.org</a><br>
        <a moz-do-not-send="true"
 href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><br>
        </div>
        </span></blockquote>
      </div>
      <br>
      </div>
    </blockquote>
  </blockquote>
  </div>
  <br>
  </div>
</blockquote>
</body>
</html>