<html>
<body>
Glen - It works!! Thank you!<br><br>
A puzzling observation - I had a small note in my post that trial (2)
worked before but now is failing after we fixed hardware problems.&nbsp;
Trial (2) does not have option &quot;-np 12&quot; but now it requires it
- Not sure what could it be?<br><br>
Zhiliang<br><br>
<br>
At 07:32 AM 9/18/2008 -0400, Glen Beane wrote:<br><br>
<br>
<blockquote type=cite class=cite cite="">On Thu, Sep 18, 2008 at 7:22 AM,
Glen Beane
&lt;<a href="mailto:glen.beane@gmail.com">glen.beane@gmail.com</a>&gt;
wrote:<br>

<dl><br><br>

<dd>On Wed, Sep 17, 2008 at 10:06 PM, Zhiliang Hu
&lt;<a href="mailto:zhu@iastate.edu">zhu@iastate.edu</a>&gt; wrote:<br>

<dl>
<dd>Sorry for cross posting -- I didn't get the problem solved on other
lists:<br><br>

<dd>We are running a Linux CentOS 8-node cluster. When &quot;qsub&quot; a
mpiblast job, I came to this dilemma: what's the correct way to supply
the nodes information: to &quot;qsub&quot; (-l nodes=6:ppn=2)? or to
&quot;mpirun&quot; (-np 12 -machinefile /path/to/mpimachines)?&nbsp; Or
both? --- they all failed in my trials (details below).<br><br>

<dd>Any advice it appreciated.<br><br>

</dl>
</dl><br><br>
Hi,&nbsp; I actually just noticed the problem<br><br>
(3) will work if you omit ómachinefile /path/to/machines/file<br><br>
It appears you are using OpenMPI.&nbsp; When OpenMPI is compiled with
native TORQUE support (use tm to launch remote processes) you must omit
ómachinefile since TM knows about all the nodes assigned to the job by
TORQUE.</blockquote></body>
</html>