<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
No problem see below:<br><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div><br class="Apple-interchange-newline">Brock Palen</div><div>www.umich.edu/~brockp</div><div>Center for Advanced Computing</div><div><a href="mailto:brockp@umich.edu">brockp@umich.edu</a></div><div>(734)936-1985</div><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br><div><html>On Jun 5, 2008, at 8:06 PM, Qiong Zhang wrote:</html><blockquote type="cite"><div class="Section1"><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">1) How to really kill a submitted job?<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">Looks like qdel not always works.</span></font></p></div></blockquote><div>Strange, It always works for us.  If you have many users, we add a script to epilogue and prolog that kill any processes owned by users which qstat says do not have valid jobs for that system.  Qdel almost always works though,  If your running parallel code be sure to use an mpirun/mpiexec that uses tm.  This will make sure that torque keeps track of the code.</div><br><blockquote type="cite"><div class="Section1"><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial"><o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial"><o:p> </o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">I tried following options<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">- qdel<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">- kill -9 the process on the running node directly<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">- qsig –s 9 <o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial"><o:p> </o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">Nothing worked. The node is still taken and can not run any other jobs.<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">When I run ‘pbsnodes”, the state of the node is still ‘job-exclusive’.<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial"><o:p> </o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">2) How to run multiple jobs on a single cpu machine?<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">Is there a way I can submit a job using partial cpu, like 0.25, 0.5 etc?</span></font></p></div></blockquote><div>You can but you almost never want to.  Simplest way is to tell torque that that node has more cpus than it really does:</div><div><br></div><div>I think this will work</div><div><br></div><div>qmgr -c 's n NODENAME np=6'</div><br><blockquote type="cite"><div class="Section1"><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial"><o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial"><o:p> </o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">3) How to set up a special resource which is attached to the cluster instead of individual node?</span></font></p></div></blockquote><div><br></div>This is a "generic resource"  we use this for software licenses all the time.  We enforce them from Moab though.  I think torque also has a similar facility built in.<br><blockquote type="cite"><div class="Section1"><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial"><o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">So if a job requires this type of resource and currently the resource is already used by another job, the job will be queued.<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial"><o:p> </o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">Thanks,<o:p></o:p></span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt; font-family:Arial">James<o:p></o:p></span></font></p> </div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">torqueusers mailing list</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a></div> </blockquote></div><br></body></html>