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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Thanks! Brock.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>For the first question, it is really strange.
I actually can kill other jobs with &#8216;qdel&#8217;.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>But I could not kill this specific one
(not a parallel job). When I use qstat &#8211;a, it displays the job is still
running.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Job ID&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Username Queue&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Jobname&nbsp;&nbsp;&nbsp; SessID NDS&nbsp;&nbsp; TSK Memory Time&nbsp; S Time<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>-------------------- -------- --------
---------- ------ ----- --- ------ ----- - -----<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>60.vibes18.data.corp jamesz&nbsp;&nbsp; batch&nbsp;&nbsp;&nbsp;
f.sh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; --&nbsp;&nbsp;&nbsp; --&nbsp;&nbsp;&nbsp; --&nbsp; R&nbsp;&nbsp; --<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Actually I already manually killed the
process on the computer node.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>James<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Tahoma;font-weight:bold'>From:</span></font></b><font size=2
face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'> Brock Palen
[mailto:brockp@umich.edu] <br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Friday, June 06, 2008 7:40
AM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> Qiong Zhang<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b> torqueusers@supercluster.org<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> Re: [torqueusers] newbie
questions</span></font><o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>No problem see below:<o:p></o:p></span></font></p>

<div><span style='orphans: 2;text-align:auto;widows: 2;-webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
-webkit-border-vertical-spacing: 0px;-webkit-text-decorations-in-effect: none;
-webkit-text-size-adjust: auto;-webkit-text-stroke-width: 0;word-spacing:0px'>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'><br>
Brock Palen<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>www.umich.edu/~brockp<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Center for Advanced
Computing<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'><a
href="mailto:brockp@umich.edu">brockp@umich.edu</a><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>(734)936-1985<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'><br>
<br>
</span></font><o:p></o:p></p>

</div>

</span>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>On Jun 5, 2008, at 8:06 PM, Qiong Zhang wrote:<o:p></o:p></span></font></p>

<blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt' type=cite>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>1) How to
really kill a submitted job?<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Looks like
qdel not always works.</span></font><o:p></o:p></p>

</div>

</blockquote>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Strange, It always works for us. &nbsp;If you have many users, we add a
script to&nbsp;epilogue&nbsp;and prolog that kill any processes owned by users
which qstat says do not have valid jobs for that system. &nbsp;Qdel almost
always works though, &nbsp;If your running&nbsp;parallel&nbsp;code be sure to
use an mpirun/mpiexec that uses tm. &nbsp;This will make sure that torque keeps
track of the code.<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><u1:p></u1:p><u1:p>&nbsp;</u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>I tried
following options<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>- qdel<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>- kill -9
the process on the running node directly<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>- qsig &#8211;s 9 <u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><u1:p>&nbsp;</u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Nothing worked.
The node is still taken and can not run any other jobs.<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>When I run
&#8216;pbsnodes&#8221;, the state of the node is still &#8216;job-exclusive&#8217;.<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><u1:p>&nbsp;</u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>2) How to
run multiple jobs on a single cpu machine?<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Is there a
way I can submit a job using partial cpu, like 0.25, 0.5 etc?</span></font><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>You can but you almost never want to. &nbsp;Simplest way is to tell
torque that that node has more cpus than it really does:<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>I think this will work<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>qmgr -c 's n NODENAME np=6'<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><u1:p></u1:p><u1:p>&nbsp;</u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>3) How to
set up a special resource which is attached to the cluster instead of
individual node?</span></font><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>This is a &quot;generic resource&quot; &nbsp;we use this for software
licenses all the time. &nbsp;We enforce them from <st1:country-region w:st="on"><st1:place
 w:st="on">Moab</st1:place></st1:country-region> though. &nbsp;I think torque
also has a similar&nbsp;facility&nbsp;built in.<br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><u1:p></u1:p>So
if a job requires this type of resource and currently the resource is already
used by another job, the job will be queued.<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><u1:p>&nbsp;</u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Thanks,<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>James<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>_______________________________________________<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>torqueusers mailing list<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><a href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</a><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><a href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</a><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</body>

</html>