<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Dear TORQUE users,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Without any apparent reason PBS stop allocating the correct number of nodes yesterday. Now, when we request, for instance, 4 nodes, the job only gets 1 node assigned.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Let me illustrate it with an example:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">megacelula:~&gt; echo "sleep 10" | qsub -l nodes=4:ppn=2</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">2124.megacelula</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">megacelula:~&gt; qstat -n1</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 9px/normal Courier New; min-height: 10px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">megacelula:</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">                                                                   Req'd  Req'd   Elap</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">Job ID               Username Queue    Jobname    SessID NDS   TSK Memory Time  S Time</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">-------------------- -------- -------- ---------- ------ ----- --- ------ ----- - -----</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">2124.megacelula      dfsvhs9  batch    STDIN        4209     4  --    --  01:00 R   --    cell2/1+cell2/0</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">However, when the nodes are requested explicitly:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">megacelula:~&gt; echo "sleep 10" | qsub -l nodes=cell2:ppn=2+cell3:ppn=2+cell4:ppn=2+cell5:ppn=2</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">2125.megacelula</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">megacelula:~&gt; qstat -n1</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 9px/normal Courier New; min-height: 10px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">megacelula:</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">                                                                   Req'd  Req'd   Elap</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">Job ID               Username Queue    Jobname    SessID NDS   TSK Memory Time  S Time</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">-------------------- -------- -------- ---------- ------ ----- --- ------ ----- - -----</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">2125.megacelula      dfsvhs9  batch    STDIN         --      4  --    --  01:00 R   --    cell2/1+cell2/0+cell3/1+cell3/0+cell4/1+cell4/0+cell5/1+cell5/0</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">We did check all log files but could not find any trace of what is wrong in the system. </DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Any idea about how to further diagnose and correct the problem?</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">The TORQUE PBS server is configured as:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 9px/normal Courier New; min-height: 10px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">megacelula:~&gt; qmgr -c "p s"</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">#</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;"># Create queues and set their attributes.</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">#</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">#</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;"># Create and define queue debug</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">#</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">create queue debug</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue debug queue_type = Execution</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue debug Priority = 5</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue debug max_running = 1</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue debug resources_max.walltime = 00:10:00</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue debug resources_available.nodect = 2</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue debug enabled = True</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue debug started = True</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">#</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;"># Create and define queue batch</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">#</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">create queue batch</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue batch queue_type = Execution</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue batch resources_max.walltime = 48:00:00</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue batch resources_default.walltime = 01:00:00</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue batch resources_available.nodect = 28</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue batch max_user_run = 5</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue batch enabled = True</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set queue batch started = True</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">#</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;"># Set server attributes.</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">#</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server scheduling = True</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server managers = torque@megacelula</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server operators = torque@megacelula</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server default_queue = batch</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server log_events = 511</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server mail_from = adm</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server query_other_jobs = True</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server resources_available.nodect = 28</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server scheduler_iteration = 100</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server node_check_rate = 150</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server tcp_timeout = 6</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Courier New" size="1"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 9px;">set server pbs_version = 2.1.8</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Many thanks in advance,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Regina and Víctor.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>Regina Guilabert Canals</DIV><DIV>Grup de Meteorologia</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Edif. Mateu Orfila<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">                                        </SPAN></SPAN></SPAN>Tel: +34 971 17 3213</DIV><DIV>Universitat de les Illes Balears<SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">                </SPAN></SPAN></SPAN>Fax: +34 971 17 3426</DIV><DIV>07122 Palma de Mallorca (Spain) <SPAN class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><SPAN class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">        </SPAN></SPAN></SPAN>email: <A href="mailto:regina.guilabert@uib.es">regina.guilabert@uib.es</A></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN> </DIV><BR></BODY></HTML>