<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Try adding <DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>#PBS -V  (capital V)</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>This will copy the environment from the submit node to the pbs environment.  We have to use this all the time because we use modules which messes with the environment.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>modules.sf.net<BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Brock Palen</DIV><DIV>Center for Advanced Computing</DIV><DIV><A href="mailto:brockp@umich.edu">brockp@umich.edu</A></DIV><DIV>(734)936-1985</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN> </DIV><BR><DIV><DIV>On Jun 4, 2007, at 5:37 AM, Anthony Pemberton wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"> <DIV class="Section1"><P style="margin-bottom:12.0pt"><SPAN style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">Dear Torque users,<O:P></O:P></SPAN></P><P style="margin-bottom:12.0pt"><SPAN style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">I got the following problem from one of my users. Does anyone have experience of this type of problem?<O:P></O:P></SPAN></P><P style="margin-bottom:12.0pt"><SPAN style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">I tried running the test case on a quiet compute node to see if it would work directly as the user did below on the admin node. There appears to be a “PATH” error to the R command, but this is difficult to trace in the qsub environment. Is there a way to diagnose?<O:P></O:P></SPAN></P><P style="margin-bottom:12.0pt"><SPAN style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">Regards,<O:P></O:P></SPAN></P><P style="margin-bottom:12.0pt"><SPAN style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">Tony P.<O:P></O:P></SPAN></P><P style="margin-bottom:12.0pt"><SPAN style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">User query:</SPAN><SPAN style="font-size:10.0pt"><BR> <BR> Today I tried to submit some new jobs on the cluster.<BR> Everything works fine, excepting R/Rpy.<BR> <BR> When I use R in one of my jobs (python scripts) an error message<BR> appears.<BR> I don't get these errors when I run the scripts on the command line<BR> without subq.<BR> <BR> For example:<BR> <BR> When I start the python Console and I use the following code, no errors.<BR> Also when I put this code in a python file and run this file without<BR> qsub (.py) no errors.<BR> -<BR> from rpy import *<BR> r.library('SparseM')<BR> -<BR> <BR> When I put this code in a python file and add it as a job it will give<BR> the following error:<BR> -<BR> Traceback (most recent call last):<BR>   File "testSP.py", line 1, in ?<BR>     import rpy<BR>   File "/usr/lib64/python2.3/site-packages/rpy.py", line 53, in ?<BR>     RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME)<BR>   File "/usr/lib64/python2.3/site-packages/rpy_tools.py", line 98, in<BR> get_R_VERSION<BR>     raise RuntimeError("Couldn't execute the R interpreter" +<BR> RuntimeError: Couldn't execute the R interpreter `sh: R: command not<BR> found/bin/R'.<BR> -<BR> <BR> It looks like there is someting wrong with the Path to RPY?<BR> <BR> My Jobfile includes the following code:<BR> -<BR> #PBS -j oe<BR> cd  "$PBS_O_WORKDIR"<BR> python testSP.py &gt; SP.out<BR> -<BR> <BR> <BR> <BR> <BR> <BR> <BR> <BR> <BR> </SPAN><O:P></O:P></P> </DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">torqueusers mailing list</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="mailto:torqueusers@supercluster.org">torqueusers@supercluster.org</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers">http://www.supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</A></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></BODY></HTML>