<br>> >Another thing that I've been looking for is the possibility of submiting multiple serial jobs. I tried to used one script file with several executions but it is submitted as a single job. Is there a way to get them all submitted independently? And with arguments?
<br>>Use env variables. For example:
<br>>
<br>>for a in $(seq 1 100);do
<br>> qsub -v BATCHARG=$a script.pbs
<br>>done
<br>> 
<br>
<br> I don't quite get your example... How would the perl script get the BATCHARG?
<br> Imagine that I want to submit multiple jobs of script.pl with diferent arguments
<br> eg.
<br> 'perl script.pl input.txt 1
<br> perl script.pl input.txt 2
<br> perl script.pl input.txt 3
<br> perl script.pl input2.txt 1
<br> perl script.pl input2.txt 2
<br> perl script.pl input2.txt 3'
<br> 
<br> How could I do it with just one submission script?
<br> 
<br> I thought it would be something like this:
<br> '# Set shell type
<br> #PBS -S /bin/sh
<br> # declare a name for this job to be sample_job
<br> #PBS -N test
<br> # request the queue (enter the possible names, if omitted, default is the default)
<br> #PBS -q qtest
<br> # request 1 node
<br> #PBS -l nodes=1
<br> # combine PBS standard output and error files
<br> #PBS -j oe
<br> # Job output and error shoulb be kept
<br> #PBS -k oe
<br> # Export all environment variables
<br> #PBS -V
<br> cd $PBS_O_WORKDIR
<br> 
<br> # run the program
<br> perl script.pl input.txt 1
<br> perl script.pl input.txt 2
<br> perl script.pl input.txt 3
<br> perl script.pl input2.txt 1
<br> perl script.pl input2.txt 2
<br> perl script.pl input2.txt 3'
<br> 
<br> but it had to exist some way to tell qsub that all six jobs were to be submited independently.
<br> 
<br> thanks for everything,
<br>
<br>PS - I am sending it on plain text