<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">
<HTML>
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  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">
  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.0.10">
</HEAD>
<BODY>
On Tue, 2005-02-15 at 12:23, Salvatore Di Nardo wrote:
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
    <FONT COLOR="#737373"><I>trying that did not work.<BR>
    It &quot;almost&quot; worked this way:<BR>
    </FONT><BR>
    <FONT COLOR="#737373" SIZE="2">===========================================================<BR>
    #!/bin/sh<BR>
    #PBS -S /bin/sh<BR>
    #PBS -m e<BR>
    #PBS -l cput=500:00:00<BR>
    #PBS -l nodes=3:ppn=2<BR>
    echo &quot;Ora del lancio: $DATE&quot;<BR>
    echo &quot;E' stato sottoposto dalla macchina: &quot;; hostname;<BR>
    cd /home/salvator<BR>
    time mpiexec -boot -v -n 6 mpiblast -p blastx -d nr -i frag.0 -o frag.0.out6p_pbs<BR>
    ===========================================================</FONT><BR>
    <FONT COLOR="#737373"><BR>
    i needed to set:<BR>
    <BR>
    <B>-boot</B> else i get &quot;no lamd running&quot;<BR>
    <BR>
    <B>-n 6</B> else i get &quot;mpirun must use at least 3 processors&quot;<BR>
    <BR>
    The problem is that all 6 processors run on the same node, and not splitted in 3 nodes ( each of them have 2 cpus). Why that ?<BR>
    <BR>
    below my working queue:<BR>
    </FONT><BR>
    <FONT COLOR="#737373" SIZE="2">====================================================<BR>
    create queue workq<BR>
    set queue workq queue_type = Execution<BR>
    set queue workq resources_max.cput = 10000:00:00<BR>
    set queue workq resources_max.ncpus = 8<BR>
    set queue workq resources_max.nodect = 4<BR>
    set queue workq resources_max.walltime = 10000:00:00<BR>
    set queue workq resources_min.cput = 00:00:01<BR>
    set queue workq resources_min.ncpus = 1<BR>
    set queue workq resources_min.nodect = 1<BR>
    set queue workq resources_min.walltime = 00:00:01<BR>
    set queue workq resources_default.cput = 10000:00:00<BR>
    set queue workq resources_default.ncpus = 1<BR>
    set queue workq resources_default.walltime = 10000:00:00<BR>
    set queue workq resources_available.nodect = 4<BR>
    set queue workq max_user_run = 8<BR>
    set queue workq enabled = True<BR>
    set queue workq started = True<BR>
    ====================================================</FONT><BR>
    <FONT COLOR="#737373"><BR>
    Any suggestion?<BR>
    <BR>
    <BR>
    p.s) my OS if FC2, and pbs and lam comes with OSCAR4.<BR>
    p.p.s) mpiblast work correctly ouside pbs using lamboot + hostfile<BR>
    <BR>
    <BR>
    <BR>
    <BR>
    On Fri, 2005-02-11 at 11:10, Ake wrote: 
    <BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
<PRE>On Fri, Feb 11, 2005 at 10:36:10AM +0100, Salvatore Di Nardo wrote:
&gt; &gt; If i use mpiexec i must give a &quot;machine list&quot; where tu run it, so i
&gt; &gt; must give free nodes.

Example of submitfile with mpiexec

#PBS -l nodes=5
mpiexec ./my-code my-args1 my-args2

Thats all you need. Mpiexec takes the nodelist from the PBS environment.</PRE>
    </BLOCKQUOTE>
    <BR>
    
<HR>

<PRE>_______________________________________________
torqueusers mailing list
torqueusers@supercluster.org</FONT>
<A HREF="http://supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers"><U>http://supercluster.org/mailman/listinfo/torqueusers</U></I></A></PRE>
</BLOCKQUOTE>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
Hemm... boys, <BR>
nobody can solve me this?
</BODY>
</HTML>