<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">
<HTML>
<HEAD>
  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">
  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/3.0.10">
</HEAD>
<BODY>
Hi all,<BR>
i have a little cluster with a master and 8 nodes ( master and nodes have 2 AMDx64 procs). We use this cluster to run several standard tools (non mpi) and mpiblast.<BR>
<BR>
Since now we ran mpiblast outside pbs ( using lamboot and mpirun ), but this have the issue that lambboot do not consider nodes already busy by pbs ( and vice-versa) so i tryed to run mpiblast subliting it with qsub, but i'm a bit confused.<BR>
<BR>
If i run mpiblast with mpirun i still to launch lamboot with hes own config file, and this mean that mpiblast will be ran on nodes already busy from other jobs.<BR>
<BR>
If i use mpiexec i must give a &quot;machine list&quot; where tu run it, so i must give free nodes.<BR>
<BR>
There is any way to tell pbs to use ( as example) 8 procs on free nodes, avoiding to specify directly what nodes are free? PBS is supposed to do this work so i expect that lauching mpiblast ( using 8 processors) via pbs mean that pbs will automatically schedule it on free nodes ( or at least with 1 proc free) and not that i need to give a lamboot file ( for mpirun ) or &quot;machine list&quot; to mpiexec that contains only free nodes. <BR>
<BR>
where i'm wrong?<BR>
<BR>
Salvatore Di Nardo
</BODY>
</HTML>